约定最低工资作为加班费基数并不一定合法，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
双方平等自愿、协商一致：
- 若劳动合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，且该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，没有违反法律的强制性规定，也没有导致显失公平，那么这种约定在法律上是有效的。但需注意，即便如此，按照最低工资标准计算出的加班费也不得低于法定最低加班费数额。
不违反法律强制性规定：
- 加班费的计算应遵循《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，通常应基于劳动者的正常工作时间工资。如果以最低工资标准为基数计算出的加班费不低于以正常工作时间工资为基数计算得出的法定最低加班费数额，且该约定不违反其他法律强制性规定，那么这种约定是合法的。
不合法情形
违反法律强制性规定：
- 根据《劳动法》及相关法律法规，加班费的计算基数应当是劳动者的正常工作时间工资，而非最低工资标准。如果以最低工资标准为基数计算出的加班费低于法定最低加班费数额，则这种约定不合法，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。
显失公平：
- 如果用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定以最低工资标准作为加班费计算基数，且该约定明显对劳动者不利，可能因显失公平而被认定为无效。在这种情况下，劳动者可以主张该约定无效，并要求用人单位按照法定标准支付加班费。
低于正常工作时间工资：
- 劳动合同或集体合同中约定的加班费计算基数不应低于劳动者的正常工作时间工资。如果约定低于正常工作时间工资，则违反了法律法规的规定，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。
实际操作建议
- 审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班费计算基数的约定，确保该约定合法、合理。
- 了解当地政策：不同地区的最低工资标准和加班费规定可能有所不同，劳动者应了解当地的法律法规和政策文件，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 及时维权：如果劳动者发现用人单位存在以最低工资标准作为加班费计算基数且违反法律法规的情形，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，约定最低工资作为加班费基数的合法性需根据具体情况来判断。在实际操作中，劳动者应仔细审查劳动合同中的相关约定，了解当地的法律法规和政策文件，并在必要时及时维权。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。