用工协议中有不合常理的地方，并不一定直接等同于违法，但可能存在违法风险或导致协议部分条款无效。以下从几个角度进行详细分析：

1. 不合常理条款与违法性的关系：

   • 违法性判断：用工协议中的条款是否违法，需依据相关法律法规进行判断。不合常理的条款，如要求员工承担不合理的责任、剥夺员工法定权益等，可能违反《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的规定，从而构成违法。
   • 示例：若协议中规定员工需承担公司因经营不善导致的全部损失，这种条款显然不合常理，且可能违反《劳动合同法》中关于劳动者责任限制的规定，因此是违法的。

2. 不合常理条款的法律效力：

   • 部分无效：即使用工协议中的某些条款不合常理，但并不意味着整个协议都无效。根据《劳动合同法》的规定，违反法律、行政法规强制性规定的条款无效，但不影响其他条款的效力。
   • 示例：若协议中既包含了合法的工作内容、薪资等条款，也包含了不合常理的违约金条款，那么违约金条款可能因违法而无效，但其他合法条款仍然有效。

3. 不合常理条款的潜在风险：

   • 员工权益受损：不合常理的条款往往倾向于保护用人单位的利益，而忽视或损害员工的合法权益。这可能导致员工在履行协议过程中面临不公平的待遇或损失。
   • 法律纠纷：不合常理的条款可能引发劳动争议或法律纠纷。一旦员工对协议条款提出异议或寻求法律救济，用人单位可能面临法律诉讼和赔偿责任。

4. 建议与应对措施：

   • 审查协议：在签订用工协议前，员工应仔细审查协议条款，确保条款内容合法、合理且公平。对于不合常理的条款，应及时提出异议并要求修改。
   • 咨询专业律师：若员工对协议条款存在疑问或不确定其合法性，建议咨询专业律师以获取法律意见和帮助。律师可以对协议条款进行法律审查，并提供修改建议或法律风险提示。
   • 保留证据：在履行协议过程中，员工应保留与协议条款相关的证据和资料，以备不时之需。这些证据和资料可能在未来的劳动争议或法律纠纷中发挥重要作用。

总结来说，用工协议中有不合常理的地方并不一定直接违法，但可能存在违法风险或导致协议部分条款无效。员工在签订协议前应仔细审查条款内容，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。若遇到不合常理的条款或权益受损的情况，应及时采取措施维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。