结论：自动离职后签了协议，是否还能申请仲裁，这主要取决于协议的具体内容以及离职时的具体情况。以下从不同角度进行分析：
协议内容合法有效且已履行：
- 如果自动离职时签订的协议内容合法、有效，且双方已经按照协议内容履行了各自的义务，那么通常情况下，这份协议就具有了法律约束力。在此情况下，如果劳动者再就同一事项申请仲裁，可能会因为已经达成并履行了协议而被驳回。例如，协议中明确约定了离职补偿、工资结算等事项，且双方均已按约履行，那么劳动者再就这些事项申请仲裁，就缺乏法律依据。
协议存在违法或无效情形：
- 如果协议中存在违法条款，或者协议是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么这份协议可能被认定为无效。在此情况下，劳动者仍然有权就相关事项申请仲裁。例如，协议中约定了低于法定标准的离职补偿，或者劳动者是在被胁迫的情况下签订的协议，那么劳动者可以依法申请仲裁，维护自己的合法权益。
协议未涵盖所有争议事项：
- 即使协议内容合法有效，但如果协议并未涵盖所有与离职相关的争议事项，劳动者仍然有权就未涵盖的事项申请仲裁。例如，协议中只约定了工资结算，但未约定社会保险缴纳问题，那么劳动者可以就社会保险缴纳问题申请仲裁。
离职时存在未了结的劳动争议：
- 如果自动离职时，劳动者与用人单位之间存在未了结的劳动争议，如工伤赔偿、加班费等，且这些争议并未在协议中明确约定或解决，那么劳动者仍然有权就这些争议申请仲裁。
法律建议：
- 在自动离职并签订协议前，劳动者应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对协议内容有疑问或不确定，可以寻求专业律师的帮助。
- 如果已经签订了协议，但后来发现协议存在问题或未涵盖所有争议事项，劳动者应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及申请仲裁的可行性和风险。
可能法律后果：
- 如果劳动者在协议合法有效且已履行的情况下申请仲裁，可能会面临仲裁机构不予受理或驳回申请的风险。
- 如果劳动者在协议存在违法或无效情形、未涵盖所有争议事项或离职时存在未了结的劳动争议的情况下申请仲裁，且仲裁机构认定劳动者的申请有理有据，那么劳动者可能会获得相应的法律救济。
总之，自动离职后签了协议是否还能申请仲裁，需要根据协议的具体内容以及离职时的具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。