结论：离职单上写了“自动离职”，依然可以申请劳动仲裁。

详细分析：

1. 自动离职与劳动仲裁的关系：

   • 自动离职是劳动者主动结束与用人单位劳动关系的行为，但这并不影响劳动者就劳动关系存续期间可能存在的争议申请劳动仲裁。劳动仲裁的目的是解决劳动争议，包括但不限于工资支付、社会保险缴纳、加班费支付、未签劳动合同的双倍工资差额等问题。

2. 可以申请劳动仲裁的常见情形：

   • 未签订劳动合同：如果用人单位在用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，劳动者有权要求支付双倍工资差额，并可通过劳动仲裁实现。
   • 未支付劳动报酬：包括拖欠或克扣工资的情况，劳动者离职后仍可申请劳动仲裁要求支付。
   • 未缴纳社会保险：用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险的，劳动者离职后可申请劳动仲裁要求补缴。
   • 加班未支付加班费：用人单位安排劳动者加班但未支付加班费的，劳动者离职后可申请劳动仲裁要求支付。

3. 申请劳动仲裁的时效限制：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，即使离职单上写了“自动离职”，劳动者也应在知道或应当知道权益被侵害之日起一年内提出仲裁申请。

4. 申请劳动仲裁的条件与材料：

   • 条件：申请人与本案有直接利害关系；有明确的被申请人及基本信息；有具体的仲裁请求和事实、理由；属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
   • 材料：包括劳动仲裁申请书（载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实和理由等）、证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录、加班记录、社会保险缴纳记录等）、身份证明（劳动者的身份证复印件等有效身份证明材料）。

综合建议：

• 如果你认为自己的合法权益在劳动关系存续期间受到了侵害，即使离职单上写了“自动离职”，也仍然有权在规定的时效期内向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。
• 在准备申请材料时，应尽量收集全面、客观的证据来支持自己的仲裁请求。这些证据将有助于证明你与用人单位之间存在事实劳动关系、入职时间以及用人单位存在违法行为的事实。
• 如果你对劳动仲裁的流程或相关规定不熟悉，或者遇到复杂情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。