关于员工不按规定上下班打卡的工资计算问题，这确实是一个涉及员工权益和公司规章制度的重要方面。以下是我为您提供的详细分析：

一、核心原则

首先，需要明确的是，员工不按规定上下班打卡，其工资的计算并非一概而论，而是需要综合考虑公司规定、员工出勤情况以及是否有合理原因等因素。公司应确保工资计算方式的公平性和透明度，同时遵守相关法律法规，员工也应了解自己的权益并遵守公司规定。

二、具体情形分析

1. 有合理原因未打卡且能证明出勤

   • 如果员工因公司打卡系统故障、突发紧急公务外出等客观原因无法打卡，但能提供证据证明自己实际上提供了正常的劳动，那么根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，公司不得克扣或无故拖欠工资。工资应按照正常出勤标准计算，即按劳动合同约定的工资计算方式，结合实际工作天数、小时数进行核算。

2. 无合理原因未打卡但能证明出勤

   • 如果员工忘记打卡，但能通过工作记录、同事证言、客户证明等方式证明自己出勤，那么公司应根据规章制度酌情处理。如果规章制度中有明确扣薪规定（如每次未打卡扣当日工资的10%），则按规定执行；若无明确规定，原则上应按正常出勤支付工资，不得随意克扣。

3. 无合理原因未打卡且无法证明出勤

   • 如果员工既无打卡记录又无法提供其他有效证据证明自己出勤，那么用人单位可依据合法有效的规章制度视为旷工等缺勤行为处理。此时，工资将按缺勤相关规定扣减，但需符合法律规定和规章制度约定（如旷工一天扣发3天工资等）。

三、公司规定与员工约定的考量

• 公司如果明确规定需要打卡记录考勤，并且员工知晓并同意这一规定，那么不按要求打卡可能影响工资发放。然而，如果公司未强制要求打卡或虽要求但未明确说明不打卡会影响工资，公司在处理时应综合考虑员工工作表现、实际出勤等因素合理确定工资。

四、建议与总结

• 对于公司而言，应制定明确、合法的考勤管理规章制度，并确保员工知晓并同意。同时，在处理未打卡情况时，应确保工资计算方式的公平性和透明度，避免引发纠纷。
• 对于员工而言，应了解自己的权益和义务，遵守公司规定并按时打卡上下班。如果因特殊原因无法打卡，应及时与公司沟通并提供相关证据证明出勤情况。
• 在出现争议时，双方应积极沟通协商或寻求专业法律机构的帮助来维护各自的合法权益。

总之，员工不按规定上下班打卡的工资计算问题需要综合考虑多种因素。公司应确保工资计算方式的公平性和透明度，员工也应了解自己的权益并遵守公司规定。通过双方的共同努力和沟通协商，可以维护劳动关系的和谐稳定。