结论：分公司注册后未结清工资，您可以通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是具体的分析和建议：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动仲裁的受理范围。分公司作为用人单位的分支机构，虽然具有独立的营业执照，但在法律上仍属于用人单位的一部分，因此，分公司未结清工资的行为，您有权向劳动仲裁机构申请仲裁。
二、仲裁流程与要点
准备仲裁材料：
- 劳动合同或能够证明您与分公司存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录等。
- 分公司未结清工资的证据，如工资单、银行转账记录、欠条等。
- 您的身份证明，如身份证复印件。
- 填写好的劳动仲裁申请书，明确仲裁请求、事实和理由。
提交仲裁申请：
- 将准备好的仲裁材料提交至分公司所在地的劳动争议仲裁委员会。
- 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查，并在一定期限内决定是否受理。
参与仲裁过程：
- 如果仲裁委员会决定受理，会安排开庭审理。
- 在开庭过程中，您需要陈述事实、提供证据，并回答仲裁员的提问。
- 分公司也有权进行陈述和答辩。
等待仲裁结果：
- 仲裁委员会在审理结束后，会作出裁决。
- 如果分公司未在规定期限内履行裁决，您可以向人民法院申请强制执行。
三、特殊情况与注意事项
分公司无独立财产：
- 如果分公司没有独立的财产，无法承担支付工资的责任，您可以考虑将总公司列为共同被申请人或第三人，要求总公司承担连带责任。
仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，您需要在知道或应当知道分公司未结清工资之日起一年内申请仲裁。
证据收集与保存：
- 在申请仲裁前，您需要尽可能收集和保存与分公司存在劳动关系以及分公司未结清工资的证据。这些证据将对您在仲裁过程中维护自己的权益至关重要。
四、法律建议
及时咨询与行动：
- 如果您发现分公司未结清工资，建议尽快咨询专业律师（即我本人，白裕文律师，专注于交通事故、债权债务、刑事辩护、合同纠纷、婚姻家庭、工伤赔偿领域），了解自己的权益和可行的法律途径，并及时采取行动。
保持冷静与理性：
- 在处理劳动争议时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免对自己的权益造成不利影响。
积极配合仲裁机构：
- 在仲裁过程中，积极配合仲裁机构的工作，提供必要的证据和信息，有助于仲裁机构更快地作出裁决。
如果您在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议和支持。