结论前置：员工入职时，用人单位扣押劳动手册是不合法的。
法律背景与解释：
根据我国《劳动合同法》的相关规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。劳动手册作为记录劳动者就业经历、职业培训、技能鉴定等重要信息的证件，同样属于被保护的范围。因此，用人单位在员工入职时扣押劳动手册，违反了上述法律规定。
法律后果：
如果用人单位扣押了劳动者的劳动手册，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门在查实后，会责令用人单位限期退还劳动者本人，并可能依照有关法律规定给予用人单位处罚。此外，劳动者还可以因此解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
具体建议：
与用人单位协商：如果发现用人单位扣押了劳动手册，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求其立即退还。
向劳动行政部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动行政部门（如劳动监察大队）投诉，寻求行政帮助。
考虑解除劳动合同：如果用人单位的行为严重影响了劳动者的权益，劳动者还可以考虑解除劳动合同，并依据法律规定要求用人单位支付经济补偿。
进一步思考：
除了扣押劳动手册外，用人单位在招聘过程中还可能存在其他违法行为，如收取押金、要求提供担保等。劳动者在遇到这些情况时，同样应该保持警惕，及时维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在入职前仔细了解用人单位的信誉和口碑，避免陷入不必要的法律纠纷。
总结：
员工入职时，用人单位扣押劳动手册是不合法的。劳动者在遇到这种情况时，应该积极维护自己的权益，通过协商、投诉或解除劳动合同等方式来解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。