公司只有合同复印件，在特定情境下是违法的，这主要取决于合同的类型以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合同情境下的法律规定
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一规定明确了劳动合同应当为双方各持有一份的原件，以确保双方的权益得到保障。
复印件的法律效力问题：
- 无法确认真实性：复印件容易被篡改或伪造，难以保证其真实性和完整性。一旦发生劳动争议，复印件可能因无法与原件核对而被视为无效证据。
- 缺乏法律效力：在法律上，复印件通常不具备与原件同等的法律效力。如果用人单位仅提供劳动合同的复印件，劳动者在维权时可能会面临举证困难的问题。
用人单位仅提供复印件的法律后果：
- 行政责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十一条，用人单位提供的劳动合同文本未载明本法规定的劳动合同必备条款或者用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
- 民事责任：如果因用人单位未提供劳动合同原件而导致劳动者遭受损失（如工资被拖欠、工伤赔偿无法落实等），用人单位可能需要承担相应的民事赔偿责任。
- 刑事责任（极端情况）：虽然较为罕见，但如果用人单位通过伪造、变造劳动合同复印件等手段进行欺诈活动，且情节严重构成犯罪的，还可能面临刑事责任的追究。
二、其他合同情境下的分析
一般合同：
- 对于非劳动合同的其他合同，如商业合同、买卖合同等，法律并未明确规定必须提供原件。然而，从证据效力的角度来看，原件通常具有更高的证明力。如果合同双方仅持有复印件，且在发生争议时无法提供原件进行核对，那么复印件的证明力可能会受到质疑。
合同复印件的使用建议：
- 确保真实性：如果确实需要使用合同复印件，应确保复印件与原件一致，并尽可能通过其他方式（如公证、见证等）增强其证明力。
- 明确约定：在合同中可以明确约定复印件的法律效力，以及双方对复印件的认可程度，以减少未来可能出现的争议。
三、劳动者的应对措施（针对劳动合同）
- 要求提供原件：劳动者有权要求用人单位提供劳动合同的原件，并妥善保管自己的那一份。
- 拒绝签订仅有复印件的合同：如果用人单位坚持只提供复印件，劳动者应坚决拒绝签订，并通过合法途径维护自己的权益。
- 向劳动行政部门投诉：如果用人单位拒不提供劳动合同原件或存在其他违法行为，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉举报。
总结与建议：
- 对于劳动合同而言，公司只有合同复印件是违法的，因为法律明确规定了劳动合同应当为双方各持有一份的原件。
- 对于其他类型的合同，虽然法律未明确规定必须提供原件，但从证据效力的角度来看，原件通常具有更高的证明力。因此，建议合同双方尽可能保留原件，并在需要时通过合法方式增强复印件的证明力。
- 如果您在合同方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。