当部门撤销后，员工的处理方式主要取决于部门撤销的具体情况以及劳动合同的履行状况。以下是从不同角度给出的详细解答：
协商变更劳动合同
- 工作岗位调整：如果部门撤销后，公司仍能维持运营，并且存在其他合适的岗位可以安排员工，那么公司应与员工进行协商，将员工调至其他岗位。调岗应当具有合理性，包括工作内容相近、薪酬待遇不降低、工作地点变化合理等。如果工作地点变更大幅增加了员工的通勤成本，需要与员工协商一致。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商变更劳动合同内容。这意味着，在部门撤销的情况下，双方有权就工作岗位、薪酬待遇等条款进行重新协商。
协商解除劳动合同及经济补偿
- 解除条件：如果部门撤销导致原劳动合同无法继续履行，并且用人单位与劳动者经协商未能就变更劳动合同内容达成一致意见，那么公司可以依法解除劳动合同。但在此情况下，公司需要承担经济补偿责任。
- 经济补偿标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。其中，“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 支付时限：公司应在与员工协商解除劳动合同或员工离职时及时支付经济补偿金。
- 实施步骤：公司应与员工进行沟通，协商解除劳动合同的相关事宜，包括经济补偿、工作交接等，并签订解除劳动合同的协议，明确经济补偿的金额和支付方式。
违法解除劳动合同的赔偿
- 赔偿条件：如果公司撤销部门并非基于客观情况发生重大变化，或者未与员工协商即直接解除劳动合同，那么此类行为构成违法解除。
- 赔偿金计算标准：赔偿金为经济补偿标准的两倍。即按照上述经济补偿的计算方法得出的金额再乘以2。
无需支付补偿或赔偿的情形
- 如果员工存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条所规定的严重违反用人单位规章制度、严重失职等行为，即使因公司撤销部门而解除劳动合同，公司也无需支付经济补偿或赔偿金。
员工权益保障与应对措施
- 了解自身权益：员工应清楚自己享有的权利，如经济补偿权利、协商变更劳动合同的权利等，并可查阅相关法律法规或向我咨询以获取更专业的法律意见。
- 与公司协商：员工应积极与公司沟通，了解部门撤销的具体情况以及后续的工作安排，协商经济补偿等事宜。
- 收集证据：员工应保留好劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以备维权之需。
- 申请劳动仲裁或法律诉讼：如果公司未按规定给予经济补偿或其他合法权益，员工可以向当地劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
举例说明：假设员工A在公司工作5年，其解除合同前12个月的平均工资为10000元。由于部门撤销导致原劳动合同无法继续履行，并且双方未能就变更劳动合同内容达成一致意见。那么，公司应支付A5个月工资作为经济补偿，即50000元（5×10000）。如果公司违法解除劳动合同，则需要支付赔偿金100000元（50000×2）。
总结与建议：部门撤销后员工的处理方式取决于多种因素，包括部门撤销的原因、劳动合同的履行状况以及双方的协商结果等。员工应了解自己的合法权益，积极与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。