结论：在执行综合计算工时工作制的情况下，劳动者在法定节假日休息是不应该扣考勤的，且用人单位应当依法支付工资。
详细分析：
法定节假日的带薪休假权利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这一规定明确了劳动者在法定节假日享有带薪休假的权利，不受其所在工时制度的影响。因此，在综合计算工时工作制下，劳动者在法定节假日休息，其考勤不应被扣除，且用人单位应支付正常工资。
综合计算工时工作制的特点：
- 综合计算工时工作制允许在一定周期内（如周、月、季、年）灵活安排工作时间，以适应特定行业或岗位的工作需求。然而，这种灵活性并不改变法定节假日作为劳动者带薪休假权利的基本性质。即无论劳动者在法定节假日是否实际工作，用人单位都需按正常出勤支付工资。
法定节假日加班的特殊情况：
- 如果在法定节假日安排劳动者工作，则用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这是对劳动者额外劳动价值的补偿和尊重。但这种情况并不改变法定节假日休息本身不应扣考勤的基本原则。
用人单位的合规义务：
- 用人单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者在法定节假日的工资报酬，避免任何形式的扣减或拖欠。如果用人单位在法定节假日未依法支付工资或扣除考勤，劳动者有权向当地劳动保障监察部门投诉或提起劳动争议仲裁，以维护自身权益。
法律建议：
- 作为劳动者，应了解并维护自己在法定节假日的带薪休假权利。如果用人单位在法定节假日扣除考勤或未支付工资，可以与用人单位沟通解决；若沟通无果，可以向当地劳动保障监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
- 作为用人单位，应严格遵守相关法律法规，确保在法定节假日不扣除劳动者考勤并支付正常工资。同时，可以制定合理的加班政策，明确加班工资的支付标准和方式，以避免劳动纠纷的发生。
可能的法律后果：
- 如果用人单位在法定节假日扣除劳动者考勤或未支付工资，可能面临劳动保障监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。这不仅会影响用人单位的声誉和形象，还可能给用人单位带来经济损失和法律风险。
综上所述，执行综合计算工时工作制的劳动者在法定节假日休息是不应该扣考勤的，且用人单位应当依法支付工资。如果有任何疑问或困惑，可以直接向我咨询。