核心结论：针对您在职在岗但劳动合同被公司灭失，需要申请劳动关系确认仲裁的情况，仲裁申请书应围绕“确认劳动关系存在”这一核心诉求撰写，重点证明双方存在事实劳动关系，同时说明公司灭失劳动合同的行为不影响劳动关系认定。以下是具体撰写要点和示例框架：
一、仲裁申请书的核心内容框架
- 申请人信息：写明您的姓名、性别、年龄、身份证号、联系方式、住址等基本信息。
- 被申请人信息：写明公司名称、统一社会信用代码、住所地、法定代表人姓名及职务、联系方式等。
- 仲裁请求：明确请求确认“申请人与被申请人自XX年XX月XX日至仲裁申请之日存在劳动关系”（时间根据实际入职时间填写）。
- 事实与理由：
- 入职事实：说明入职时间、岗位、工作内容（如“XX年XX月XX日入职被申请人处，担任XX岗位，负责XX工作”）。
- 劳动关系证据：列举能证明劳动关系的材料（如工资发放记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录、工作邮件/聊天记录、同事证言等），并说明“虽劳动合同被公司灭失，但上述证据足以证明双方存在事实劳动关系”。
- 公司行为说明：指出公司灭失劳动合同的行为（如“被申请人故意或过失将劳动合同灭失，试图否认劳动关系，但该行为不影响事实劳动关系的认定”）。
- 证据清单：附上所有证据的复印件（如工资条、社保记录、工作证照片等），并注明证据名称、来源及证明目的。
二、仲裁申请书示例（框架）
仲裁申请书
申请人：XXX，男/女，XX岁，身份证号：XXXXXXXXXXXXXXXXXX，住址：XXXXXXXX，联系电话：XXXXXXXX。
被申请人：XXX公司，统一社会信用代码：XXXXXXXX，住所地：XXXXXXXX，法定代表人：XXX，职务：XXX，联系电话：XXXXXXXX。
仲裁请求：
请求确认申请人与被申请人自XX年XX月XX日至仲裁申请之日存在劳动关系。
事实与理由：
- 申请人于XX年XX月XX日入职被申请人处，担任XX岗位，负责XX工作，双方建立劳动关系。
- 入职后，被申请人通过银行转账/现金形式发放工资（附工资流水），并为申请人缴纳社会保险（附社保记录）。
- 申请人持有被申请人发放的工作证（附照片），日常通过企业微信/钉钉等工具进行考勤管理（附考勤记录截图）。
- 近期，申请人发现劳动合同被公司灭失（或公司拒绝提供劳动合同），但根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），上述证据已充分证明双方存在事实劳动关系。
- 被申请人灭失劳动合同的行为，违反《劳动合同法》第十六条（劳动合同应由双方各执一份）的规定，但不影响劳动关系的事实认定。
证据清单：
- 工资流水（证明工资发放主体为被申请人）；
- 社保缴纳记录（证明被申请人为申请人缴纳社保）；
- 工作证照片（证明申请人系被申请人员工）；
- 考勤记录截图（证明申请人接受被申请人管理）；
- 其他证据（如工作邮件、同事证言等）。
此致
XX市XX区劳动人事争议仲裁委员会
申请人（签名）：XXX
XX年XX月XX日
三、注意事项
- 证据充分性：劳动关系确认的关键是“事实证据”，务必收集工资、社保、工作证等直接证据，避免仅依赖口头陈述。
- 公司灭失合同的处理：若公司承认灭失合同，可要求其出具书面说明；若否认，可通过仲裁或诉讼要求公司承担举证责任（如《劳动争议调解仲裁法》第六条规定“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供”）。
- 时效问题：劳动关系确认仲裁不受1年仲裁时效限制（根据《劳动争议调解仲裁法》第二条），但建议尽快申请以避免证据灭失风险。
如有其他细节需要补充或对证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会进一步为您分析。