针对您提出的“医院以公司不在一个镇拒绝办理健康证是否违法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，从一般原则和规定来看，办理健康证通常不应受到公司所在地的限制。健康证是证明个人健康状况的证件，其办理应基于个人的健康状况，而非其所在公司的地理位置。特别是在一些地区，如四川省，已经明确规定不能以任何理由拒绝为外出务工人员办理健康证，这进一步强调了健康证办理的普遍性和无歧视性。

其次，关于医疗机构审批和管理的具体规定，虽然这些规定主要关注于医疗机构的设置审批、执业登记等方面，但它们也间接反映了医疗服务应遵循的公平、公正原则。例如，广东省卫生健康委员会的相关通知中，虽然并未直接提及健康证办理的问题，但强调了医疗机构在审批和管理过程中应遵循的规范性和公平性，这同样适用于健康证的办理。

现在，我们具体到您的情境：

• 如果医院以公司不在一个镇为由拒绝办理健康证，这一行为可能缺乏合理的法律依据。除非有特定的地方性法规或政策明确规定了健康证办理的地域限制（但这种情况较为罕见，且通常需要明确的法律依据和合理的理由），否则医院不应以此为由拒绝办理。
• 您可以进一步了解当地关于健康证办理的具体规定和政策，以确认是否存在这样的地域限制。如果确实没有这样的规定，那么医院的行为可能构成不当拒绝服务，您可以向相关部门（如卫生健康委员会或消费者权益保护机构）进行投诉或咨询。

综上所述，医院以公司不在一个镇为由拒绝办理健康证，在缺乏明确法律依据的情况下，可能是不合法的。建议您先了解当地的具体规定和政策，如果确认医院的行为不当，可以积极维护自己的合法权益。