核心结论：公司多给已经离职员工缴纳社保，可通过与员工协商、向社保部门申请退费等方式处理，同时需注意避免违反劳动法相关规定。以下是具体分析：

1. 与离职员工协商

   • 协商内容：公司应首先尝试与离职员工进行友好沟通，说明多缴纳社保的情况，请求员工配合办理相关手续，如将多缴纳的社保费用返还给公司，或者协助公司向社保部门办理退费手续。
   • 协商依据：从法律层面讲，员工没有合法依据获得这部分多缴纳的社保费用，公司有权要求其返还。而且通过协商解决，可以避免双方产生不必要的法律纠纷，节省时间和精力。
   • 协商注意事项：在协商过程中，公司要注意保留好沟通记录，如聊天记录、邮件等，以备后续可能出现的争议。同时，协商的方案要合理合法，不能损害员工的合法权益。

2. 向社保部门申请退费

   • 申请条件：如果与员工协商不成，公司可以向当地社保部门申请退还多缴纳的社保费用。一般来说，需要提供相关的证明材料，如员工的离职证明、社保缴纳记录、与员工协商的记录等，以证明多缴纳社保的事实。
   • 申请流程：不同地区的社保部门申请退费的流程可能会有所不同，公司需要按照当地社保部门的要求，填写相关的申请表格，提交证明材料，并等待社保部门的审核和处理。
   • 法律依据：根据《社会保险法》等相关法律法规，社保部门有责任对社保费用的缴纳情况进行管理和监督，对于多缴纳的社保费用，应当予以退还。

3. 避免违反劳动法相关规定

   • 及时办理停保手续：公司在员工离职后，应及时为其办理社保停保手续，避免出现多缴纳社保的情况。如果因为公司未及时办理停保手续而导致多缴纳社保，公司可能需要承担一定的责任。
   • 不得克扣员工工资：在处理多缴纳社保的问题时，公司不能以克扣员工工资的方式来弥补损失。根据《劳动法》规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司克扣员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。

后续建议：公司在日常管理中，要建立健全社保管理制度，加强对员工离职手续的办理和社保缴纳情况的管理，定期对社保缴纳情况进行核对和清理，及时发现和解决问题，避免出现类似的纠纷。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。