结论：一家公司通过三家主体分别上保险、发工资的合法性不能一概而论，需结合具体操作方式、法律关系及目的综合判断，可能合法也可能涉及违法风险。以下分情况详细说明：

1. 若三家主体存在合法关联关系，且操作符合规定，可能合法

• 关联关系合法性：若三家主体（如母公司与子公司、总分公司）存在合法的股权或控制关系，且公司能证明“上保险”“发工资”的操作是基于真实的业务分工或管理需要（例如：子公司独立核算，员工实际在子公司工作，但因集团管理需要由母公司代发工资、代缴社保），且符合以下条件，则可能合法：
  • 社保缴纳合规：根据《社会保险法》，员工应在“用人单位所在地”缴纳社保。若三家主体中与员工签订劳动合同的单位（即“用人单位”）与实际工作地、工资发放主体一致，或存在合法的代缴协议（如集团内部委托代缴），则社保缴纳合法。
  • 工资发放合规：根据《工资支付暂行规定》，工资应由“用人单位”直接支付给员工。若工资由关联公司代发，需满足：代发方与用人单位存在合法委托关系（如集团内部委托支付），且工资数额、发放时间等与劳动合同约定一致。
• 典型场景：某集团旗下A公司（用人单位）与员工签合同，但因财务集中管理，由B公司（关联子公司）代发工资、C公司（关联分公司）代缴社保。若能证明代发、代缴行为基于合法委托，且员工实际权益未受损（如社保基数、工资数额无误），则合法。

2. 若操作目的是逃避法律义务，则可能违法

• 常见违法情形：
  • 逃避社保缴纳：公司为降低用工成本，通过关联公司“拆分”员工工资（如将部分工资由A公司发放，部分由B公司发放），但仅按较低基数为员工缴纳社保，甚至不缴社保。此行为违反《社会保险法》第58条（用人单位应自用工之日起30日内为员工缴社保）及第60条（社保缴费基数应为员工工资总额），可能面临补缴、罚款（欠缴数额1-3倍）等处罚。
  • 逃避个税与工资支付义务：通过多家公司“拆分”工资，使单家公司发放的工资低于个税起征点，从而少缴个税；或通过关联公司转移债务，导致员工工资无法足额发放。此行为违反《个人所得税法》及《劳动合同法》第30条（用人单位应及时足额支付工资），可能面临税务处罚或员工索赔。
  • 虚构劳动关系：若员工实际与A公司工作，但社保由B公司缴纳、工资由C公司发放，且A、B、C公司无合法关联或委托关系，可能被认定为“虚构劳动关系”，违反《劳动合同法》第7条（用人单位应自用工之日起建立劳动关系），员工可要求确认与实际用工单位（A公司）的劳动关系，并主张权益。

3. 给公司的建议

• 规范用工管理：明确与员工签订劳动合同的单位（即“用人单位”），确保社保缴纳、工资发放主体与用人单位一致；若需关联公司代发、代缴，应签订合法委托协议，并留存员工知情同意的证据。
• 避免“拆分”操作：不得通过多家公司拆分工资、社保基数以逃避义务，否则可能面临税务、社保、劳动监察等多部门处罚，甚至被列入“黑名单”。
• 定期合规审查：建议公司每年委托律师或专业机构审查用工模式，确保符合《社会保险法》《劳动合同法》《个人所得税法》等规定，降低法律风险。

总结：公司通过三家主体操作社保、工资的合法性，关键在于是否基于真实业务需求、是否损害员工权益、是否符合社保缴纳与工资支付的强制性规定。若您公司涉及此类操作，建议提供具体细节（如三家主体关系、操作方式等），我可进一步分析合规性并给出优化方案。