结论：公司内两个部门分别上三险和五险的情况是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合“同工同酬”原则及是否存在合理差异理由。

1. 若两个部门员工岗位性质、工作内容、劳动强度完全相同，仅因部门不同而缴纳不同险种，则涉嫌违法。
   根据《劳动法》第四十六条及《社会保险法》第五十八条，用人单位必须为全体员工缴纳社会保险（含养老保险、医疗保险、失业保险，即“三险”），而工伤保险和生育保险由单位全额承担（部分地区已合并为“五险”）。若员工岗位相同但保险待遇不同，可能违反《劳动法》中“同工同酬”原则，员工可要求单位补缴差额或向劳动监察部门投诉。

2. 若两个部门员工岗位性质、工作内容存在实质差异（如正式员工与临时工、全职与兼职），则可能合法。
   例如，兼职员工可能仅需缴纳工伤保险（部分地区政策允许），而全职员工需缴纳五险；或临时工因劳动关系性质不同，保险缴纳标准有差异。但需注意：

   • 差异必须基于客观因素（如工时、合同类型），而非主观划分（如部门、性别）；
     
   • 单位需在劳动合同或规章制度中明确差异理由，并符合地方社保政策。

3. 若单位未缴纳法定险种（如未缴养老保险、医疗保险），则无论部门如何划分均违法。
   根据《社会保险法》，养老保险、医疗保险、失业保险是强制缴纳的险种，单位不得以任何理由免除。若单位仅缴纳三险中的部分险种（如仅缴养老和医疗），则属于未依法缴纳社保，员工可要求补缴或投诉。

建议行动：

• 员工可先核对劳动合同中关于社保缴纳的约定，并要求单位出具书面说明差异理由；
  
• 若怀疑单位违法，可向当地社保局或劳动监察大队举报，或申请劳动仲裁要求补缴社保差额；
  
• 单位需尽快自查社保缴纳情况，避免因违法缴纳社保面临行政处罚（如罚款、滞纳金）或劳动纠纷。
  

如有进一步细节（如岗位差异、合同类型等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。