结论：已开发票且对方已打款，但合同章没盖，这种情况可能会产生一定影响，不过具体影响程度需分情况讨论，下面为你详细阐述。

1. 合同效力方面
   • 合同可能成立且有效：根据《民法典》规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。但在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。如果双方已经按照合同约定实际履行了主要义务，比如一方提供了货物或服务，另一方接受了货物或服务并支付了款项（即已打款），即便合同章没盖，合同也可能被认定为成立且有效。例如，甲乙双方达成货物买卖意向，甲已将货物交付给乙，乙也支付了货款，虽然合同上乙没盖合同章，但合同依然有效，双方需要按照约定履行后续义务，如甲提供售后服务等。
   • 合同可能未成立或效力待定：如果合同中明确约定“本合同自双方签字盖章之日起生效”，且双方尚未实际履行合同主要义务，那么合同可能因未满足生效条件而未成立或效力待定。此时，若一方反悔，可能引发纠纷。比如，甲乙签订了一份技术服务合同，约定合同自双方签字盖章后生效，在乙未盖章且双方未实际开展技术服务的情况下，乙突然表示不再履行合同，甲可能难以依据合同要求乙承担违约责任。
2. 权利义务履行方面
   • 正常履行权利义务：若合同被认定为有效，双方应按照合同约定履行各自的权利义务。已打款和开发票的行为可以视为双方对合同部分内容的一种实际履行表现。例如，在买卖合同中，买方支付货款、卖方开具发票后，卖方仍有义务按照合同约定的质量、数量等标准交付货物，买方也有权在收到货物后进行验收。
   • 履行障碍与纠纷：如果合同未成立或效力待定，在后续履行过程中可能会出现障碍。比如，卖方可能以合同未生效为由拒绝交付货物，或者买方可能以各种理由要求退还已支付的款项，从而引发纠纷。此外，即使合同有效，由于合同章未盖，在涉及合同变更、解除等重要事项时，也可能因缺乏明确的书面依据而产生争议。
3. 证据与维权方面
   • 发票和打款记录可作为部分证据：已开具的发票和打款记录可以作为双方存在交易关系的初步证据，在一定程度上证明双方已经按照合同的部分约定进行了履行。例如，在发生货款纠纷时，卖方可以凭借发票和买方的打款记录，证明买方已经支付了部分或全部货款，以及双方之间存在买卖合同关系。
   • 合同章缺失可能影响证据完整性：然而，合同章是合同生效的重要标志之一，合同章缺失可能导致在维权时证据的完整性受到影响。在一些复杂的纠纷中，仅凭发票和打款记录可能不足以充分证明双方的权利义务关系，尤其是当双方对合同的其他条款存在争议时。例如，如果合同中约定了质量保证期、违约责任等重要条款，但由于合同章未盖，在发生质量问题或违约情况时，可能难以依据合同条款来明确双方的责任。

建议：为了避免可能出现的纠纷和风险，建议尽快补盖合同章，确保合同的完整性和有效性。如果已经出现纠纷，应及时收集其他相关证据，如双方沟通的记录、交易过程中的其他文件等，以维护自己的合法权益。如果你还有其他关于合同方面的疑问，欢迎随时向我咨询。