结算单上盖部门章而没有盖合同章，可能会产生以下影响，具体需结合实际情况判断：
结算单的效力问题：
- 一般情况：结算单作为双方对交易或服务进行结算的凭证，其法律效力并不完全取决于所盖印章的类型。如果结算单内容明确、双方意思表示真实，且没有违反法律法规的强制性规定，那么即使盖的是部门章，结算单仍然可能具有法律效力。部门章在一定程度上能够代表该部门的行为，如果该部门有权进行结算或确认相关事项，那么其盖章行为可以视为对结算单内容的认可。
- 特殊情况：然而，如果合同或相关交易文件中明确规定了结算单必须加盖合同章或公司公章才具有法律效力，那么在这种情况下，仅盖部门章可能无法满足合同或交易文件的要求，从而影响结算单的效力。此外，如果部门章的使用超出了该部门的权限范围，或者存在其他违法违规情形，也可能导致结算单无效或部分无效。
举证责任与证明力：
- 举证责任：在诉讼或仲裁过程中，如果一方对结算单的效力提出异议，那么主张结算单有效的一方需要承担举证责任，证明结算单的内容真实、合法，且盖章行为符合相关规定或合同约定。
- 证明力：相对于合同章或公司公章，部门章的证明力可能较弱。因为部门章通常只代表该部门的行为，而不一定代表整个公司的意志。因此，在需要证明结算单具有法律效力时，仅凭部门章可能难以充分证明其效力，可能需要结合其他证据进行综合判断。
实际操作中的建议：
- 明确约定：为了避免因盖章问题产生的纠纷，建议在合同或相关交易文件中明确规定结算单必须加盖的印章类型。这样可以在一定程度上减少因盖章问题导致的争议。
- 谨慎使用部门章：如果确实需要使用部门章进行结算或确认相关事项，建议确保该部门有权进行此类操作，并在盖章前对结算单的内容进行仔细审核，确保其真实、合法、有效。
- 保留证据：在结算过程中，建议保留好所有相关的证据材料，如交易记录、沟通记录、结算单等。这些证据材料在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
总结来说，结算单上盖部门章而没有盖合同章，其法律效力需结合具体情况判断。为了避免潜在的风险和纠纷，建议在合同或相关交易文件中明确规定结算单必须加盖的印章类型，并在实际操作中谨慎使用部门章进行结算或确认相关事项。如果遇到相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。