行政机关在扣押期限届满后，对过期食物和药品的处理方式需严格依照法定程序进行，核心结论如下：

1. 解除扣押并返还（若不涉及违法）
   若扣押的过期食物或药品经调查确认不涉及违法行为（如未销售、未造成危害后果），行政机关应在扣押期限届满后立即解除扣押，并将物品返还当事人。依据《行政强制法》第二十八条，解除扣押后，行政机关需通知当事人领取或安排返还。

2. 依法销毁或无害化处理（若涉及违法）
   若过期食物或药品违反食品安全或药品管理法规（如销售过期药品、使用过期食品原料生产等），行政机关需在扣押期限届满前完成调查取证，并依法作出处罚决定（如没收、罚款等）。处罚决定生效后，对扣押物品应按以下方式处理：

   • 销毁：对可能危害人体健康的过期食品、药品，行政机关应委托专业机构进行无害化销毁，防止二次流入市场（《食品安全法》第一百二十三条、《药品管理法》第九十八条）。
     
   • 记录与监督：销毁过程需全程记录（如拍照、录像），并由当事人或见证人签字确认，确保程序合法透明。

3. 超期扣押的法律责任
   若行政机关未在法定期限内处理扣押物品（如未及时返还或销毁），可能构成程序违法，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认行政行为违法并赔偿损失（《行政强制法》第六十二条）。

实务建议：

• 行政机关应严格在扣押决定书载明的期限内完成调查，避免超期；
  
• 处理过期物品时需区分“违法”与“非违法”情形，避免程序混淆；
  
• 当事人若对处理结果有异议，可要求行政机关出具书面处理依据，或通过法律途径维权。
  

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