总公司人力资源部混同用工，一般不能直接开除子公司员工。以下从不同角度为你详细分析：

从劳动关系主体角度

1. 劳动关系的相对性：子公司是独立的法人主体，具有独立的用工权。子公司员工与子公司之间建立劳动关系，签订劳动合同，受子公司管理并为其提供劳动。总公司人力资源部虽然可能参与子公司的部分人事管理事务，但并非劳动关系的相对方。例如，子公司员工小李与子公司签订了为期三年的劳动合同，约定工作地点、岗位、薪酬等条款，小李接受子公司的日常管理和工作安排，此时小李的用人单位是子公司，总公司人力资源部无权直接依据混同用工就开除小李。
2. 混同用工的认定与影响：混同用工通常指实际用人单位与劳动合同签订单位不一致，或者劳动者为多个关联单位提供劳动，难以区分具体用人单位的情形。但即便存在混同用工，也不能改变子公司作为独立用人单位的事实。比如，总公司人力资源部在人员招聘、培训等方面与子公司有协作，甚至在一段时间内统一安排子公司员工的工作任务，但这并不意味着总公司就取得了对子公司员工的直接管理权和开除权。

从开除员工的法定程序和条件角度

1. 法定程序要求：根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位开除员工需要遵循严格的法定程序。例如，对于严重违反用人单位规章制度的员工，用人单位需要证明规章制度经过民主程序制定、已向员工公示，且员工的违规行为达到严重程度等。子公司作为用人单位，要开除员工需按照自身制定的合法有效的规章制度以及法定程序进行操作，总公司人力资源部不能越过子公司直接开除员工。假设子公司规定员工连续旷工三天属于严重违反规章制度，可予以开除。若子公司员工小张连续旷工三天，子公司应按照内部程序进行调查、通知工会（如有）、作出开除决定并送达小张等，而不是由总公司人力资源部直接开除小张。
2. 法定条件限制：开除员工必须符合法律规定的条件，如员工严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害，被依法追究刑事责任等。这些条件的认定需要以具体事实和证据为依据，并且是针对与员工建立劳动关系的用人单位而言。总公司人力资源部不能仅因混同用工就随意认定子公司员工符合开除条件并实施开除行为。比如，子公司员工小赵在工作中出现一般性失误，未给子公司造成重大损害，不符合开除的法定条件，总公司人力资源部不能以混同用工为由开除小赵。

特殊情况分析

如果总公司与子公司之间存在特殊约定，或者子公司完全受总公司控制，在人事管理等方面没有自主权，且这种约定或控制关系在法律上被认可，那么在特定情况下，总公司可能在一定程度上对子公司员工的人事处理有更大影响力。但即便如此，也不能简单地认为总公司人力资源部可以直接开除子公司员工，仍需遵循相关法律法规和内部程序。例如，总公司与子公司在章程中明确约定，子公司的人事决策需经总公司批准，在子公司员工出现符合开除条件的情形时，子公司需将相关情况报总公司，由总公司决定是否开除，但最终的开除决定仍应以子公司的名义作出并履行相应程序。

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