分公司不能直接开除在子公司有违法行为的集团公司员工。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 分公司的法律地位与权限

1. 分公司的法律地位：根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着分公司作为总公司的分支机构，在法律上和经济上并不具有独立性，不能独立承担民事责任。
2. 分公司的权限：分公司虽然可以与员工签订劳动合同，进行日常的人事管理，但在涉及员工开除等重大人事决策时，往往需要遵循总公司的指示和规定。分公司本身并不具备直接开除集团公司员工的权限。

二. 员工违法行为的处理

1. 违法行为的认定：员工在子公司有违法行为，首先需要明确该违法行为的性质、严重程度以及是否违反了公司的规章制度。这通常需要通过调查取证、法律评估等程序来确定。
2. 处理主体：一旦确认员工存在违法行为，根据“谁用工，谁负责”的原则，应当由子公司作为用人单位来处理该员工的违法行为。如果违法行为严重到需要解除劳动合同的程度，也应当由子公司来执行。

三. 分公司与子公司、集团公司的关系

1. 独立法人实体：子公司作为独立的法人实体，具有独立的民事行为能力，包括招聘、管理和解雇员工等。而分公司则不具备这些独立权限。
2. 规章制度的适用：虽然集团公司可能会制定统一的规章制度适用于其下属的子公司和分公司，但在具体执行时，仍然需要遵循各子公司和分公司的独立法人地位。分公司不能直接依据集团公司的规章制度来开除子公司的员工。

四. 法律建议

1. 明确处理主体：对于在子公司有违法行为的集团公司员工，应当明确由子公司作为处理主体，而不是分公司。
2. 遵循法定程序：在处理员工违法行为时，必须严格遵循相关法律法规的规定，确保程序的正当性和合法性。
3. 维护员工权益：在开除员工或采取其他处罚措施时，应当充分保障员工的合法权益，避免违法解除劳动合同或侵犯员工的其他权益。

我的观点：分公司作为总公司的分支机构，在法律上和经济上并不具有独立性，不能直接开除在子公司有违法行为的集团公司员工。对于此类情况，应当由子公司作为用人单位来处理，并严格遵循相关法律法规的规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。