结论：公司连续三个月安排上夜班，员工因此辞职是否有补偿，需根据具体情况判断，主要看公司是否违反了相关法律法规以及劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：
一、公司行为合法性分析
若公司行为合法：
- 如果公司安排夜班是出于生产经营需要，且已经按照法律规定支付了夜班津贴、加班费等，同时保证了员工的休息时间（如安排调休或支付加班费以补偿夜班对休息的影响），且劳动合同中对此有明确约定，那么公司的行为可能是合法的。
- 在这种情况下，员工因个人原因（如不喜欢夜班工作）而辞职，通常不属于公司违法解除劳动合同或未提供劳动条件的情形，因此员工可能无法获得经济补偿。
若公司行为违法：
- 如果公司安排夜班违反了法律法规的规定，如未支付夜班津贴、加班费，或者未保证员工的休息时间，导致员工身心健康受损，那么公司的行为可能是违法的。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果公司未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件，员工可以解除劳动合同，并有权要求公司支付经济补偿。
二、经济补偿的计算与依据
经济补偿的计算：
- 如果员工因公司违法安排夜班而辞职，并符合获得经济补偿的条件，那么经济补偿的计算通常按照员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 这里的“月工资”是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
经济补偿的依据：
- 经济补偿的依据主要是《劳动合同法》的相关规定，特别是关于劳动合同解除和经济补偿的条款。
三、建议与行动步骤
收集证据：
- 如果员工认为公司安排夜班违法，并打算辞职并要求经济补偿，那么首先需要收集相关证据，如劳动合同、工资单、排班表、夜班津贴支付记录等，以证明公司的违法行为。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司支付经济补偿或改善工作条件。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付经济补偿。在申请劳动仲裁时，员工需要提交相关证据和仲裁申请书。
寻求法律援助：
- 如果员工在劳动仲裁过程中遇到困难或需要法律帮助，可以寻求专业律师的法律援助。
总结与进一步思考：公司连续三个月安排上夜班，员工因此辞职是否有补偿，取决于公司行为是否合法以及劳动合同的约定。如果公司行为违法且符合获得经济补偿的条件，员工有权要求公司支付经济补偿。在处理此类问题时，建议员工先收集证据、与公司协商，并在必要时申请劳动仲裁或寻求法律援助。如果你有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。