结论：公司的保证金收不回来，并不一定完全由公司承担，这取决于保证金无法收回的具体原因、合同条款的约定以及相关法律法规的规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同条款的约定
保证金性质与返还条件：
- 首先，需要明确保证金在合同中的性质（如履约保证金、质量保证金等）以及返还的具体条件。如果合同中明确规定了保证金在特定条件下（如合同履行完毕、质量达标等）应予以返还，而对方未按照约定返还，则对方构成违约，公司有权要求其返还保证金，并可能要求赔偿因此造成的损失。
违约责任条款：
- 合同中可能还包含了违约责任条款，明确了如果一方违约，应承担的责任范围和方式。如果保证金无法收回是由于对方违约导致的，公司可以根据合同中的违约责任条款，要求对方承担违约责任，包括返还保证金、支付违约金或赔偿损失等。
二、相关法律法规的规定
《民法典》合同编：
- 根据《民法典》合同编的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，如果保证金无法收回是由于对方违约导致的，公司可以依据《民法典》的规定，要求对方承担违约责任。
其他相关法律法规：
- 除了《民法典》外，还可能涉及其他相关法律法规的规定，如《招标投标法》（如果保证金与招标投标活动相关）、《消费者权益保护法》（如果保证金与消费者权益保护相关）等。这些法律法规可能对保证金的性质、返还条件以及违约责任等有更具体的规定。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：
- 公司应首先审查与保证金相关的合同条款，明确保证金的性质、返还条件以及违约责任等。如果合同条款存在模糊或不明确的地方，应及时与对方协商补充或明确。
收集证据：
- 如果保证金无法收回是由于对方违约导致的，公司应收集相关证据（如合同、付款凭证、对方违约的证据等），以证明自己的主张。
协商与诉讼：
- 在收集到足够证据后，公司可以尝试与对方进行协商，要求其返还保证金并承担违约责任。如果协商无果，公司可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
风险防范：
- 为了避免类似纠纷的发生，公司在未来签订合同时应更加谨慎地审查合同条款，明确保证金的性质、返还条件以及违约责任等。同时，公司还可以考虑在合同中约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）以及管辖法院或仲裁机构等，以便在发生纠纷时能够迅速有效地解决。
总结与进一步思考：公司的保证金收不回来并不一定完全由公司承担，而是需要根据合同条款的约定以及相关法律法规的规定来判断。在实际操作中，公司应审查合同条款、收集证据、尝试协商并考虑法律途径解决纠纷。同时，公司还应加强风险防范意识，在未来签订合同时更加谨慎地审查合同条款并约定争议解决方式。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。