结论：关于“加班申请需于三个自然日内，不含当天”的规定，意味着从加班发生的次日起算，员工需要在接下来的三个自然日内提交加班申请，总共是3天的时间。

详细解释：

1. 自然日的理解：自然日，通常指的是我们日常所说的“一天”，即从某一时刻开始到24小时后的同一时刻为止的时间段。在这个问题中，“三个自然日内”指的是从加班发生的次日开始算起的三个完整日。

2. 不含当天的含义：“不含当天”明确指出了加班发生的当天不计入这三个自然日之内。这是为了避免员工在加班当天就急于提交申请，而可能忽略了加班的实际效果或后续的工作安排。

3. 具体计算：

   • 假设加班发生在周一，那么“不含当天”即指周一不计入。
   • 从周二开始算起，三个自然日就是周二、周三、周四。
   • 因此，员工需要在周四结束前（即周四的24:00前）提交加班申请。

4. 法律背景与建议：

   • 虽然这个问题主要涉及的是公司内部规定或劳动合同中的条款，但这样的规定应当符合劳动法律法规的基本原则，即保障员工的合法权益。
   • 如果公司规定或劳动合同中的加班申请期限过于苛刻或不合理，员工有权提出异议，并可以与公司协商修改。
   • 在实际操作中，建议员工尽量在加班后尽快提交申请，以免因时间拖延而忘记或错过申请期限。同时，也建议公司明确加班申请的流程和期限，以便员工能够清晰了解并遵守。

5. 可能的法律后果：

   • 如果员工未能在规定的期限内提交加班申请，且公司因此拒绝支付加班费或给予其他补偿，员工可能会面临维权困难。
   • 因此，员工应当重视加班申请的期限问题，确保在规定的时间内提交申请，以维护自己的合法权益。

总结：加班申请需于三个自然日内（不含当天）提交的规定，意味着员工有3天的时间（从加班次日起算）来提交加班申请。员工应当了解并遵守这一规定，以确保自己的加班能够得到合理的补偿。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。