“三天内申请”是否包含当天，需结合具体语境和行业惯例判断，常见情形如下：

1. 若条款未明确排除当天
   根据《民法典》第1259条关于“期间计算”的规定，民事权利义务的期间计算通常“从开始之次日起算”，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。若加班申请条款未明确排除当天（如未使用“次日起三日内”等表述），则“三天内”应包含申请当日。例如：员工周一加班，周三24:00前提交申请均符合“三天内”的要求。

2. 若条款明确排除当天
   若用人单位在规章制度中明确约定“加班申请需于加班后次日起三日内提交”（如加班后第二天开始计算三天），则不包含当天。此时需以书面条款为准，但用人单位需证明已通过民主程序制定并公示该制度，否则可能因条款显失公平被认定无效。

3. 行业惯例与合理性审查
   司法实践中，法院会结合行业惯例和条款合理性进行判断。例如：

   • 制造业等需及时统计工时的行业，可能倾向于认定包含当天；
     
   • 互联网等弹性工作制行业，可能更注重实际申请时间与加班时间的关联性。
     若条款导致员工丧失合理申请机会（如要求加班后立即申请，但员工因工作原因无法及时提交），可能因违反公平原则被调整。

建议：

• 用人单位：在规章制度中明确“三天内”的具体起算点（如“自加班次日起三日内”），并通过培训、签字确认等方式确保员工知悉；
  
• 劳动者：若对条款理解有争议，可要求用人单位出具书面说明，或保留加班后及时沟通的证据（如微信记录、邮件等），以备维权时使用。
  

如有具体条款或案例需要分析，可进一步提供细节，我将结合法律条文和司法实践为您详细解答。