结论：在有三甲医院医嘱休养但公司不批假的情况下，不建议直接休息，而是应通过合法途径维护自身权益。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
病假权利：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据员工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。
- 在医疗期内，员工享有病假工资或疾病救济费，且企业不得随意解除劳动合同。
医嘱的法律效力：
- 三甲医院的医嘱具有法律效力，可以作为员工申请病假的依据。
- 若公司不批假，员工可向公司说明医嘱情况，并要求公司按照法律规定给予病假。
直接休息的法律后果：
- 若员工未经公司批准直接休息，可能构成旷工，公司有权依据规章制度对员工进行处理，包括警告、罚款、解除劳动合同等。
- 旷工行为还可能影响员工的工资、奖金、晋升等权益。
二、实际操作角度
与公司沟通：
- 员工应首先与公司人力资源部门或上级领导沟通，说明医嘱情况，并提交相关医疗证明。
- 沟通时，员工应保持冷静和理性，避免情绪化表达，以便更好地解决问题。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若公司拒绝给予病假或解除劳动合同，员工可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司给予病假或恢复劳动关系。
- 对劳动仲裁结果不服的，员工还可向法院提起诉讼，维护自身合法权益。
保留证据：
- 员工应妥善保管医嘱、医疗证明、与公司沟通的记录等证据，以便在需要时提供证明。
三、建议与提醒
及时沟通：
- 员工在收到医嘱后，应尽快与公司沟通，避免拖延时间导致问题复杂化。
了解公司规章制度：
- 员工在申请病假前，应了解公司的规章制度，确保自己的申请符合公司规定。
寻求法律援助：
- 若员工在申请病假或维护自身权益过程中遇到困难，可寻求专业律师的法律援助，以便更好地解决问题。
总结：在有三甲医院医嘱休养但公司不批假的情况下，员工应通过合法途径维护自身权益，而不是直接休息。员工可以与公司沟通、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来解决问题，并保留好相关证据以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。