结论：在立案后发现企业不存在违法行为的情况下，一般不应进行责令改正行为决定。但具体是否需要采取其他措施，需根据案件具体情况和法律规定来综合判断。
分析：
立案与违法行为的关系：
- 立案是行政机关或司法机关对涉嫌违法行为的案件进行初步审查后，决定启动正式调查程序的行为。立案的前提是存在涉嫌违法的行为或事实。
- 如果在立案后的调查过程中，发现企业并不存在违法行为，那么立案的基础就不复存在。
责令改正的适用条件：
- 责令改正通常是针对已经确认存在的违法行为，要求违法者停止违法行为，并采取措施纠正已经造成的违法后果。
- 在企业不存在违法行为的情况下，责令改正就失去了其适用的前提和基础。
法律程序与原则：
- 行政机关或司法机关在处理案件时，必须遵循法定程序和原则，包括依法行政、公正公开、保护当事人合法权益等。
- 在发现企业不存在违法行为后，如果继续采取责令改正等措施，可能违反法定程序和原则，损害企业的合法权益。
可能的后续措施：
- 虽然不应进行责令改正，但行政机关或司法机关在发现企业不存在违法行为后，可以依法作出撤销案件、终止调查等决定。
- 如果立案过程中对企业造成了不必要的损失或影响，企业还可以依法申请国家赔偿或采取其他法律措施维护自身权益。
建议：
- 对于行政机关或司法机关而言，在立案后应尽快进行调查，查明事实真相。如果发现企业不存在违法行为，应及时作出撤销案件或终止调查的决定，避免对企业造成不必要的损失和影响。
- 对于企业而言，如果面临立案调查但认为自己不存在违法行为，应积极配合调查工作，提供相关证据和材料证明自己的清白。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果，以便更好地维护自身权益。
法律后果：
- 如果行政机关或司法机关在发现企业不存在违法行为后，仍然错误地采取责令改正等措施，企业可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销相关决定并赔偿损失。
- 行政机关或司法机关如果违反法定程序和原则处理案件，还可能面临内部纪律处分或法律责任追究。
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