在行政执法过程中，若遇到有关单位不愿意在证据上盖章的情况，可以按照以下步骤处理：

1. 明确证据形式与要求
   首先需确认该证据是否必须以盖章形式固定。根据《行政处罚法》《行政诉讼法》及相关证据规则，证据形式包括书证、物证、视听资料、电子数据等。若法律或规范性文件明确要求单位盖章（如检验报告、鉴定意见等），则需进一步沟通；若未明确要求，可通过其他方式固定证据效力（如单位负责人签字、公证等）。

2. 与单位沟通协调

   • 了解拒绝原因：主动联系单位负责人或经办人，询问拒绝盖章的具体理由（如程序瑕疵、内容争议、内部审批未完成等），针对性解决问题。
     
   • 强调执法严肃性：向单位说明行政执法的法定程序和时限要求，以及拒绝配合可能面临的法律后果（如被认定为妨碍执法、证据效力瑕疵等）。
     
   • 提供便利条件：若单位因客观原因无法盖章（如公章外带限制），可协商通过邮寄、传真、电子签章等方式完成。

3. 通过法律程序固定证据
   若沟通无果，可采取以下替代措施：

   • 制作询问笔录：对单位相关人员进行询问，记录其陈述内容，并由被询问人签字确认。
     
   • 公证取证：邀请公证机构对证据内容进行公证，增强证据的证明力。
     
   • 第三方见证：邀请无利害关系的第三方（如社区工作人员、律师）在场见证，并制作见证笔录。
     
   • 调取其他关联证据：通过调取单位公开信息、系统数据、监控录像等间接证据，形成证据链。

4. 向上级或监督部门反映
   若单位无正当理由拒绝配合，可向其上级主管部门或纪检监察机关反映情况，请求协调解决。例如，若涉及企业，可向市场监管部门或行业协会求助；若涉及行政机关，可向其上级单位或政府法制部门报告。

5. 在行政决定中说明情况
   在最终作出的行政处罚决定书、强制执行决定书等法律文书中，需如实记载单位拒绝盖章的情况，并说明已通过其他方式固定证据，确保程序合法性。

风险提示：

• 避免采取强制手段（如扣押公章），可能引发行政诉讼或侵权责任。
  
• 确保替代证据的合法性，避免因取证程序瑕疵导致证据无效。
  
• 及时咨询法律专业人士，确保每一步操作符合《行政处罚法》《行政强制法》等规定。

如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我咨询。