行政机关不提供证据原件时，当事人可采取以下措施维护自身合法权益：

1. 要求行政机关说明理由
   根据《行政诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第九条，行政机关对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。若行政机关拒绝提供原件，当事人有权要求其书面说明不提供原件的具体理由（如涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等）。若行政机关无法提供合法理由，其行为可能构成举证不能。

2. 申请法院责令提交或调查取证

   • 法院责令提交：当事人可在诉讼中向法院提出申请，要求行政机关提交证据原件。根据《行政诉讼法》第四十一条，法院有权要求行政机关提供其保存的与案件有关的证据，行政机关无正当理由拒不提交的，法院可推定当事人主张的事实成立。
     
   • 法院调查取证：若证据原件由行政机关掌握且当事人无法自行获取，法院可依职权或依申请调查取证（《行政诉讼法》第四十条）。例如，涉及公共利益的证据或行政机关拒不配合的情形，法院可直接调取原件核实。

3. 质疑证据效力并主张程序违法

   • 证据形式合法性：根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第五十七条，无法与原件核对的复制件不能单独作为定案依据。若行政机关仅提供复印件、扫描件等，且未说明原件去向或拒绝核对，当事人可主张该证据不具有合法性。
     
   • 程序违法抗辩：行政机关拒不提供原件可能违反法定程序（如《行政处罚法》第四十一条要求行政机关告知当事人权利并出示证据），当事人可据此主张行政行为程序违法，请求法院撤销或确认无效。

4. 申请鉴定或专家辅助人质证

   • 证据真实性争议：若行政机关提供复制件与当事人持有的原件内容不一致，当事人可申请对证据真实性进行司法鉴定（《行政诉讼法》第三十六条）。
     
   • 专家辅助人参与：对于专业性较强的证据（如技术鉴定报告），当事人可申请专家辅助人出庭对证据原件的必要性及复制件的可靠性发表意见，增强质证效果。

实务建议：

• 当事人应在举证期限内及时向法院提出申请，避免因逾期举证导致权利丧失；
  
• 保留向行政机关索要原件的书面记录（如申请书、邮寄凭证等），作为后续主张程序违法的证据；
  
• 若涉及重大利益，可同步向行政机关的上级部门或监察机关投诉其拒不配合举证的行为。
  

行政机关拒不提供证据原件可能直接影响案件事实认定，当事人应充分利用法律赋予的救济途径，通过司法程序推动证据原件的提交或否定复制件的证明力，从而维护自身合法权益。