结论：在欠工程款打了欠条起诉后，若工程验收不合格又产生整改费用，处理方式需根据具体情况来定，主要包括协商解决、在诉讼中主张抵扣、另案起诉主张赔偿等几种途径。

详细分析：

1. 协商解决：

   • 情况说明：在工程款纠纷已经进入诉讼程序，但工程验收不合格且产生整改费用的情况下，双方可以首先尝试通过协商来解决。协商的内容可以包括整改费用的承担、工程款的支付时间、支付方式等。
   • 法律依据：虽然直接的法律依据可能并不明确指向协商解决，但根据《民法典》中关于合同履行和纠纷解决的原则，双方有权在平等、自愿的基础上，通过协商达成一致意见，解决纠纷。
   • 建议：如果双方能够达成一致，可以签订书面协议，明确各自的权利和义务，以避免后续纠纷。

2. 在诉讼中主张抵扣：

   • 情况说明：如果工程验收不合格是由于承包方的原因造成的，且整改费用是合理且必要的，发包方可以在诉讼中主张将整改费用从应付工程款中抵扣。
   • 法律依据：根据《民法典》的相关规定，如果一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，应当赔偿损失。在此情况下，整改费用可以视为发包方因承包方违约而遭受的损失。
   • 操作要点：发包方需要在诉讼中提供充分的证据证明工程验收不合格是由于承包方的原因造成的，以及整改费用的合理性和必要性。同时，法院会根据具体情况判断是否支持抵扣。

3. 另案起诉主张赔偿：

   • 情况说明：如果工程验收不合格且整改费用较大，或者双方无法就抵扣问题达成一致，发包方可以选择另案起诉承包方，要求其承担整改费用及可能的其他损失。
   • 法律依据：同样根据《民法典》的相关规定，发包方有权要求承包方承担因违约造成的损失。在此情况下，整改费用及其他损失可以作为诉讼请求的一部分。
   • 操作要点：发包方需要准备充分的证据来支持其诉讼请求，包括工程验收不合格的证据、整改费用的证据以及可能的其他损失证据。同时，需要注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。

额外建议：

• 保留证据：无论是协商解决、在诉讼中主张抵扣还是另案起诉主张赔偿，发包方都需要保留好相关证据，如工程验收报告、整改费用发票、合同文件等。
• 咨询专业律师：由于工程款纠纷和工程质量问题可能涉及复杂的法律关系和专业知识，建议发包方在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。

后续行动指导：

• 如果您是发包方，且工程验收不合格并产生了整改费用，建议您首先与承包方进行协商，尝试达成一致意见。
• 如果协商无果，您可以在正在进行的诉讼中主张将整改费用从应付工程款中抵扣，或者选择另案起诉承包方要求其承担整改费用及其他损失。
• 在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，并咨询专业律师的意见。

希望以上分析能够对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。