若您因欠工程款被起诉后发现工程存在质量问题，您可以采取以下措施来维护自身合法权益：

1. 及时收集并整理工程质量相关证据

   • 证据类型：包括但不限于工程质量检测报告、监理记录、双方会议纪要、往来函件以及现场照片或视频等。这些证据应能清晰展示工程存在的质量问题及其严重程度。
   • 证据作用：这些证据将用于反驳原告关于工程款支付的不当指控，或作为减少工程款支付、要求修复或赔偿的依据。

2. 分析起诉状并制定答辩策略

   • 起诉状分析：详细分析原告的起诉状内容，特别是关于工程款支付和工程质量的部分。针对其提出的事实和理由，结合您所收集的证据，确定答辩要点和反驳策略。
   • 答辩状撰写：在规定的答辩期内向法院提交条理清晰、逻辑严谨的答辩状。答辩状应明确表达您的答辩意见，包括工程存在质量问题的事实、证据以及因此应减少或免除部分工程款支付的理由。

3. 参与庭审并积极辩护

   • 庭审准备：在庭审前，再次熟悉所有证据和答辩状内容，准备充分的辩护材料。
   • 庭审陈述与辩论：在庭审中，按照法官的指引进行陈述和辩论。清晰阐述工程存在质量问题的事实和证据，对原告提交的证据进行质证，并指出其存在的问题。同时，提出合理的解决方案，如要求修复工程或减少工程款支付等。

4. 探索和解与调解途径

   • 主动和解：在诉讼过程中，积极与原告进行沟通，尝试达成和解协议。和解可以节省时间和成本，避免关系进一步恶化。您可以提出合理的和解方案，如部分支付工程款并要求修复工程等，并签订书面协议以确保双方权益。
   • 接受调解：配合法院组织的调解工作，尊重对方的合理要求。在法官的协调下，争取达成双方都能接受的调解方案，并签署具有法律效力的调解书。调解书一旦签署，即具有强制执行力。

5. 考虑反诉或抗辩

   • 反诉：如果工程质量问题严重且原告存在过错，您可以考虑在诉讼中提出反诉，要求原告承担修复费用、赔偿损失等责任。
   • 抗辩：在答辩中，您可以提出抗辩理由，如工程存在质量问题导致无法正常使用或存在安全隐患等，从而拒绝支付全部或部分工程款。

6. 履行判决或申请再审

   • 履行判决：若法院判决您支付工程款（可能已考虑工程质量问题而减少金额），应按照判决书规定的履行期限和方式及时支付。若无支付能力，应与对方协商并制定合理的还款计划。
   • 申请再审：如您认为判决存在错误（如认定事实不清、适用法律错误等），可在规定期限内向上一级法院申请再审。提交再审申请书及相关证据材料，详细说明申请再审的理由和依据。

在处理此类纠纷时，还需注意以下法律背景和建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。若工程存在质量问题，发包人有权要求承包人承担修复、赔偿等责任。同时，若发包人未按照约定支付价款，承包人也有权要求其支付并承担违约责任。
• 法律建议：在处理此类纠纷时，建议您保持冷静和理智，积极应诉并采取合适的措施来保护自己的合法权益。通过全面收集证据、制定答辩策略、参与庭审与辩护、探索和解与调解途径以及妥善履行判决或申请再审等步骤，您将能够更有效地应对这一法律挑战。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。