结论：政府部门已备案的租赁合同被法院认定无效后，当事人通常可以申请撤销该合同备案，但具体能否成功撤销还需根据备案机关的要求和程序进行操作。

分析说明：

1. 合同备案的性质与目的：

   • 合同备案是行政机关对合同进行的一种管理行为，旨在加强市场监管，维护市场秩序。它并不直接决定合同的效力，但备案信息可以作为合同存在和内容的证明。
   • 当合同被法院认定无效时，意味着该合同自始没有法律约束力。因此，从逻辑上讲，一个无效的合同不应继续保留在备案系统中。

2. 申请撤销备案的法律依据：

   • 虽然具体的法律法规可能因地区和行业而异，但一般来说，如果合同被法院认定无效，当事人有权向备案机关申请撤销或变更备案信息。
   • 备案机关在收到申请后，通常会根据法院的判决或裁定以及相关法律法规进行审查，并决定是否撤销备案。

3. 申请撤销备案的程序与要求：

   • 准备材料：当事人需要准备法院的判决或裁定书、原备案合同、申请撤销备案的书面申请等材料。
   • 提交申请：将准备好的材料提交给原备案机关，并按照其要求填写相关表格或提供额外信息。
   • 等待审查：备案机关会对申请进行审查，并可能要求当事人补充材料或进行说明。
   • 决定撤销：如果审查通过，备案机关会撤销原备案合同，并可能出具撤销备案的证明文件。

4. 可能遇到的障碍与解决方案：

   • 备案机关的要求：不同备案机关可能对申请撤销备案的具体要求和程序有所不同。当事人应仔细了解并遵守相关规定。
   • 证据不足：如果当事人无法提供充分的证据证明合同无效或备案信息有误，备案机关可能拒绝撤销备案。此时，当事人可以考虑通过法律途径进一步解决争议。
   • 时间成本：申请撤销备案可能需要一定的时间，当事人应做好心理准备并合理安排时间。

行动建议：

• 及时申请：一旦合同被法院认定无效，当事人应尽快向备案机关申请撤销备案，以避免不必要的法律风险和纠纷。
• 咨询专业人士：在申请撤销备案过程中，如果遇到任何问题或困难，当事人可以咨询专业律师或相关机构以获取帮助和指导。
• 保留证据：当事人应妥善保管与合同备案和撤销相关的所有证据和文件，以备不时之需。

法律后果提示：

• 如果当事人未及时申请撤销无效合同的备案，可能会面临一些不必要的法律风险和纠纷，如被误认为合同仍然有效而承担不必要的法律责任。
• 备案机关在拒绝撤销备案时，应给出合理的理由和依据。如果当事人认为备案机关的决定不合理或违法，可以通过法律途径进行申诉或诉讼。

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