在农业用地上建厂房，一般会被认定为违建。这是因为农业用地的主要用途是农业生产，而建厂房属于非农业建设，违反了土地用途管制制度。接下来，我将从不同角度详细分析这一问题，并提供相应的补救措施和不同地区的处罚情况。

一、违建认定

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，国家实行土地用途管制制度，使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。农业用地，特别是耕地，是受到严格保护的，未经批准不得擅自改变用途用于非农业建设。因此，在农业用地上建厂房，未经相关部门批准，一般会被认定为违建。

二、补救措施

如果已经在农业用地上建了厂房，可以采取以下补救措施：

1. 立即停止建设：一旦发现建设行为可能违法，应立即停止建设，避免进一步扩大违法后果。

2. 申请补办手续：如果厂房建设符合当地土地利用总体规划和城乡规划，且符合其他相关条件，可以尝试向相关部门申请补办用地和规划手续。这通常需要提供详细的规划方案、土地使用证明等材料，并经过严格的审批程序。

3. 拆除或整改：如果厂房建设不符合规划或无法补办手续，可能需要面临拆除或整改的处罚。在这种情况下，应积极配合相关部门的处理，及时拆除或整改违建部分，以减少损失。

4. 寻求法律援助：如果对违建认定或处罚有异议，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

三、不同地区的处罚

不同地区对农业用地上建厂房的处罚可能有所不同，但一般都会包括以下几个方面：

1. 罚款：根据违法建设的面积、性质等因素，相关部门可能会对违法建设者处以一定数额的罚款。

2. 责令拆除或整改：对于无法补办手续或不符合规划的违建，相关部门会责令违法建设者限期拆除或整改。

3. 没收违法所得：如果违法建设者通过违建获得了经济利益，相关部门可能会没收其违法所得。

4. 其他行政处罚：根据具体情况，相关部门还可能对违法建设者采取其他行政处罚措施，如警告、责令停产停业等。

具体案例与地区差异：

• 在某些地区，对于农业用地上建厂房的处罚可能更为严厉，除了上述处罚外，还可能对违法建设者进行信用惩戒，影响其未来的贷款、招投标等经济活动。
• 在另一些地区，如果违法建设者能够积极配合处理，及时拆除或整改违建部分，并主动缴纳罚款，可能会得到从轻或减轻处罚的待遇。

建议：

• 在进行任何建设活动前，务必了解清楚当地的土地利用规划和城乡规划，确保建设行为符合相关规定。
• 如果对建设行为是否违法存在疑问，可以咨询当地相关部门或专业律师，以获取准确的法律意见。
• 如果已经面临违建处罚，应积极配合相关部门的处理，及时采取补救措施，以减少损失和影响。

如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。