结论：即使您与石材厂签订了保密协议和赔偿协议，若其24小时施工行为违反了相关法律法规或协议约定，您仍然有权对其提起诉讼或采取其他法律措施。
分析如下：
协议的法律效力：
- 保密协议和赔偿协议是双方自愿达成的，具有法律约束力。然而，这些协议主要关注的是保密义务和违约赔偿，并不直接涉及施工时间、噪音控制等环境或相邻权问题。
- 如果协议中明确规定了施工时间、噪音限制等条款，且石材厂违反了这些条款，那么您当然有权依据协议要求其承担违约责任。
施工时间的合法性：
- 根据《中华人民共和国环境噪声污染防治法》等相关法律法规，施工活动应当遵守国家规定的环境噪声排放标准，并避免在居民休息时间（如夜间）进行高噪声作业。
- 如果石材厂24小时施工，且产生的噪音超过了法定标准，影响了您的正常生活，那么其行为可能构成违法，您有权向相关部门投诉或提起诉讼。
相邻权保护：
- 作为房屋的所有者或使用者，您享有相邻权，包括不受相邻不动产权利人不当干扰的权利。
- 如果石材厂的施工行为严重干扰了您的正常生活，如持续噪音、振动等，您有权依据相邻权的相关规定，要求其停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。
诉讼途径：
- 在协商无果的情况下，您可以向当地人民法院提起诉讼，要求石材厂停止违法施工行为、赔偿损失等。
- 诉讼过程中，您需要提供证据证明石材厂的施工行为违反了法律法规或协议约定，以及该行为对您造成了实际损害。
建议：
- 收集证据：在采取法律行动之前，建议您先收集相关证据，如施工噪音的录音、视频，以及您因此受到的实际损害（如医疗费用、精神损失等）的证明。
- 协商解决：在证据充分的情况下，您可以先尝试与石材厂进行协商，要求其调整施工时间、采取降噪措施或赔偿损失。
- 法律途径：如果协商无果，您可以向当地环保部门投诉或向人民法院提起诉讼，以维护您的合法权益。
后续行动：
- 如果您决定采取法律行动，建议您咨询专业律师（即我本人，张超律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和指导。
- 在诉讼过程中，保持与律师的密切沟通，及时提供所需证据和信息，以便律师更好地为您辩护。