员工投诉药店是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果员工投诉药店的行为是基于合法、正当的理由，且投诉方式合法：
- 例如，药店存在违反劳动法律法规的行为（如拖欠工资、未缴纳社保等），员工向劳动监察部门投诉；或者药店存在销售假药、劣药等违法行为，员工向药品监督管理部门投诉。
- 在这种情况下，员工的投诉行为是合法的，不仅不违法，还是维护自身权益和社会公共利益的正当行为。
如果员工投诉药店的行为缺乏合法依据或投诉方式不合法：
- 例如，员工因个人恩怨或恶意报复而投诉药店，且投诉内容不实或夸大其词；或者员工采取非法手段（如威胁、恐吓、造谣等）进行投诉。
- 在这种情况下，员工的投诉行为可能构成违法，甚至可能承担法律责任。具体来说，如果投诉内容不实且对药店造成了名誉损害或经济损失，药店有权要求员工承担民事赔偿责任；如果员工的投诉行为情节严重，还可能构成诽谤罪、敲诈勒索罪等刑事犯罪。
法律建议：
- 对于员工而言：在投诉药店前，应确保自己的投诉行为有合法依据，且投诉方式合法。如果确实存在合法投诉的理由，建议通过正规渠道（如劳动监察部门、药品监督管理部门等）进行投诉，并保留好相关证据。
- 对于药店而言：如果收到员工的投诉，应首先核实投诉内容的真实性。如果投诉内容不实或存在恶意报复的嫌疑，药店可以依法维护自己的权益，包括要求员工承担民事赔偿责任或向公安机关报案等。
可能涉及的法律后果：
- 如果员工的投诉行为合法且正当，药店应积极配合调查并整改存在的问题，以避免可能的法律后果。
- 如果员工的投诉行为违法或不当，药店有权依法追究员工的法律责任，包括民事赔偿和刑事责任等。
总之，员工投诉药店是否违法取决于投诉行为的合法性和正当性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。