关于育儿假公司按照自然年计算后核发是否违法的问题，这主要取决于当地具体的法律法规以及公司内部规章制度与法律法规的符合程度。
法律法规层面：
- 首先，需要查阅当地关于育儿假的具体法律法规。不同地区对于育儿假的规定可能存在差异，包括育儿假的天数、计算方式、申请条件等。
- 如果当地法律法规明确规定了育儿假的计算方式（如按自然年、按工作日等），那么公司应当遵循该规定进行核发。若公司按照自然年计算后核发育儿假，且该计算方式与当地法律法规相符，则不构成违法。
- 如果当地法律法规未明确规定育儿假的具体计算方式，而是赋予了公司一定的自主权来制定内部规章制度，那么公司按照自然年计算后核发育儿假，只要该制度不违反法律法规的强制性规定，且公平合理，通常也不构成违法。
公司内部规章制度层面：
- 即使当地法律法规未明确规定育儿假的计算方式，公司制定的内部规章制度也应当遵循公平、合理、合法的原则。
- 如果公司按照自然年计算后核发育儿假，但该制度存在不公平、不合理或违反法律法规强制性规定的情况（如限制员工申请育儿假的条件过于苛刻、育儿假天数明显低于当地平均水平等），则可能构成违法或侵犯员工权益。
实际操作建议：
- 对于员工而言，如果对公司按照自然年计算后核发育儿假的做法有疑问或不满，建议首先查阅当地关于育儿假的法律法规以及公司内部规章制度，了解自己的权益和公司的义务。
- 如果发现公司的做法存在违法或侵犯权益的情况，可以与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规和规章制度的规定进行核发育儿假。
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
总结来说，公司按照自然年计算后核发育儿假是否违法，取决于当地具体的法律法规以及公司内部规章制度与法律法规的符合程度。如果公司的做法符合法律法规和规章制度的规定，且公平合理，则不构成违法；反之，则可能构成违法或侵犯员工权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。