公司要求育儿假按照自然年计算，这一做法是否合法，需结合具体的地方性法规来判断。以下从不同角度进行分析：

一、国家层面规定

目前，国家层面的法律法规并未对育儿假的计算方式（如是否按自然年计算）作出统一规定。育儿假的具体实施细则，包括假期天数、计算方式等，通常由地方性法规或规章来规定。

二、地方性法规规定

1. 存在明确规定的地方：

   • 若地方性法规或规章明确规定了育儿假应按自然年计算，那么公司按照自然年计算育儿假的做法就是合法的。例如，某些地区可能规定，育儿假从子女出生之日起，按照自然年计算，每年享受一定天数的育儿假。

2. 未明确规定的地方：

   • 若地方性法规或规章未对育儿假的计算方式作出明确规定，那么公司要求按自然年计算可能缺乏直接的法律依据。在这种情况下，公司应参考行业惯例、员工手册或劳动合同中的约定，以及与员工的协商结果来确定育儿假的计算方式。若公司单方面决定按自然年计算，且该决定未得到员工的认可或违反了劳动合同中的约定，则可能引发劳动争议。

三、实际操作建议

1. 查阅地方性法规：

   • 公司应首先查阅所在地区的地方性法规或规章，了解育儿假的具体规定，包括假期天数、计算方式等。

2. 与员工协商：

   • 若地方性法规未明确规定育儿假的计算方式，公司应与员工进行协商，根据员工的实际情况和需求，共同确定合理的计算方式。

3. 完善员工手册和劳动合同：

   • 公司应在员工手册和劳动合同中明确育儿假的计算方式、假期天数等关键条款，以避免未来可能出现的劳动争议。

四、法律后果

• 若公司违反地方性法规或规章的规定，擅自改变育儿假的计算方式，可能面临劳动行政部门的处罚，如警告、罚款等。
• 若公司因育儿假计算方式问题与员工发生劳动争议，且争议无法通过协商解决，员工可能向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。

总结来说，公司要求育儿假按照自然年计算是否合法，需根据地方性法规的具体规定来判断。在缺乏明确规定的情况下，公司应与员工协商确定合理的计算方式，并在员工手册和劳动合同中明确相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。