核心结论：实际控股人的两个公司先后就职，中间拿过赔偿金，赔偿金的计算需结合具体情况判断，主要看前后两家公司是否为关联企业、劳动关系是否连续以及赔偿金的性质等因素，以下分情况说明：
前后两家公司为独立主体，劳动关系不连续
- 如果前后两家公司是法律上独立的主体，且您与前一家公司的劳动关系已经合法终止（如办理了离职手续、结清了工资等），之后才与后一家公司建立新的劳动关系，那么前一家公司支付的赔偿金通常是基于您与其之间的劳动关系解除或终止而产生的。
- 在这种情况下，赔偿金的计算应依据您与前一家公司签订的劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规（如《劳动合同法》中关于经济补偿的规定）来确定。例如，如果是因为公司违法解除劳动合同而支付的赔偿金，通常是按照您在前一家公司的工作年限，每满一年支付两个月工资的标准来计算。
- 后一家公司支付的薪酬（包括可能的奖金、津贴等）则与前一家公司的赔偿金无关，按照您与后一家公司之间的劳动合同约定来执行。
前后两家公司为关联企业，劳动关系可能被认定为连续
- 如果前后两家公司虽然法律上独立，但实际上存在关联关系（如实际控股人相同、存在控股或参股关系、业务上存在紧密联系等），且您的劳动关系在两家公司之间没有真正中断（如没有办理离职手续、工资发放连续等），那么可能会被认定为劳动关系连续。
- 在这种情况下，如果前一家公司支付了赔偿金，而后一家公司又因某种原因（如裁员、合同到期不续签等）需要支付经济补偿或赔偿金时，计算时可能会考虑您在两家公司的总工作年限。但具体如何计算，还需结合实际情况和当地司法实践来判断。例如，有些地区可能会认为前一家公司已经支付的赔偿金已经涵盖了您在该公司的部分或全部权益，后一家公司在计算经济补偿时可能会相应扣减。
赔偿金性质的影响
- 赔偿金的性质也会影响其计算方式。如果前一家公司支付的赔偿金是因为您违反了公司规章制度或劳动合同约定而产生的违约金或赔偿款，那么这部分款项通常与您在后一家公司的薪酬无关。
- 如果前一家公司支付的赔偿金是因为公司违法解除劳动合同而产生的赔偿金，那么这部分款项的计算应依据《劳动合同法》的相关规定，并且不影响您在后一家公司应享有的权益。
建议：
- 在处理此类问题时，建议您保留好与前后两家公司签订的劳动合同、离职证明、赔偿金支付凭证等相关证据材料。
- 如果对赔偿金的计算有疑问或争议，可以及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 如有需要，也可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。