非全日制合同员工的收入可以按工资薪金申报，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 法律关系认定
   根据《劳动合同法》第六十八条，非全日制用工是指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位平均每日工作时间不超过4小时、每周累计不超过24小时的用工形式。若双方符合该特征，则构成劳动关系，用人单位应按工资薪金申报个税。

2. 税务申报依据
   根据《个人所得税法》及实施条例，工资薪金所得指个人因任职或受雇取得的所得。非全日制员工若与用人单位存在事实劳动关系（如接受管理、提供劳动为业务组成部分），其收入属于工资薪金范畴，应通过“工资薪金所得”项目代扣代缴个税。

3. 特殊情形处理

   • 劳务关系例外：若双方签订的是劳务合同（如临时性、一次性服务），且劳动者不接受用人单位管理、自行安排工作时间，则收入可能按“劳务报酬所得”申报。
     
   • 混合用工风险：若非全日制员工实际工作时间超过法定标准，可能被认定为全日制劳动关系，此时需按全日制员工标准申报个税及缴纳社保。

4. 实务建议

   • 合同条款设计：明确约定工作时间、计酬方式（如小时工资制）、管理边界（如无需打卡、可自行安排工作顺序），以佐证非全日制用工性质。
     
   • 个税申报操作：通过个税申报系统“工资薪金所得”模块申报，并留存考勤记录、工资支付凭证等证据，避免被税务机关调整申报方式。
     
   • 社保合规风险：非全日制员工原则上不强制缴纳社保，但若被认定为全日制劳动关系，则需补缴社保，建议定期自查用工模式合规性。

风险提示：若用人单位故意混淆用工形式（如以非全日制名义行全日制之实），可能面临补缴社保、支付经济补偿金及税务处罚等法律责任。如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节后深入分析。