非全日制劳动合同应按工资进行申报，而非劳务报酬。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律性质决定
非全日制用工本质上属于劳动关系的一种特殊形式。根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十八条的规定，非全日制用工是指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位一般平均每日工作时间不超过四小时，每周工作时间累计不超过二十四小时的用工形式。由于非全日制用工属于劳动关系，因此其报酬应按照工资进行申报和缴纳个人所得税。
二、工资与劳务报酬的区别
工资：在劳动关系中，用人单位向劳动者支付的报酬称为工资。工资支付通常遵循一定的周期（如月、周等），并受到劳动法律法规的严格保护。非全日制用工的劳动者虽然工作时间较短，但他们同样接受用人单位的管理和监督，为用人单位提供劳动，因此其报酬应视为工资。
劳务报酬：在劳务关系中，提供劳务的一方获得的报酬称为劳务报酬。劳务关系中，双方是平等的民事主体，不存在隶属关系，劳务报酬的支付方式、时间等由双方自行约定，相对较为灵活。然而，非全日制用工并不属于劳务关系，因此其报酬不应按劳务报酬申报。
三、税务处理要求
根据税务规定，非全日制用工的工资收入应按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，并由用人单位代扣代缴。这一规定进一步明确了非全日制用工报酬的税务处理方式，即按工资申报纳税。
四、实际操作建议
签订书面合同：用人单位与非全日制劳动者应签订书面的劳动合同或协议，明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作时间、劳动报酬等条款。这有助于保障双方的权益，避免纠纷的发生。
规范工资支付：用人单位应按照国家规定的工资支付方式和周期，按时足额支付非全日制劳动者的工资，并保留好相关记录以备查验。这有助于确保工资的合法性和准确性，避免税务风险。
依法申报纳税：用人单位应按照国家税收法规的要求，为非全日制劳动者代扣代缴个人所得税，并向税务机关如实申报和缴纳税款。这有助于维护税收秩序，保障国家税收收入。
总结来说，非全日制劳动合同应按工资进行申报，这是由法律性质、工资与劳务报酬的区别以及税务处理要求共同决定的。在实际操作中，用人单位应签订书面合同、规范工资支付并依法申报纳税，以保障双方的权益并避免税务风险。如果您在非全日制用工方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。