医院扣除医生医疗质量安全保障金是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同约定与医院规章制度
合同约定：如果医生与医院在劳动合同或相关协议中明确约定了医疗质量安全保障金的扣除条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么医院在符合约定条件的情况下扣除保障金，可能是合法的。但需要注意的是，合同条款必须公平合理，不得显失公平或侵犯医生的合法权益。
医院规章制度：医院作为用人单位，有权制定内部规章制度来规范医务人员的行为。如果医院规章制度中明确规定了医疗质量安全保障金的扣除标准和程序，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，医生也已知悉并同意，那么医院在符合规章制度规定的情况下扣除保障金，同样可能是合法的。
二、法律法规的强制性规定
劳动法相关规定：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位不得随意扣除劳动者的工资或奖金。如果医院扣除的医疗质量安全保障金实际上属于医生的工资或奖金范畴，且没有合法依据或未经医生同意，那么这种扣除行为可能是违法的。
医疗行业特殊规定：医疗行业有其特殊性，可能存在一些针对医务人员的特殊规定。然而，就目前所知的法律法规而言，并没有明确规定医院可以扣除医生的医疗质量安全保障金。因此，医院在扣除保障金时，必须确保有明确的法律依据或合同约定。
三、合法性判断的具体要点
扣除原因的合理性：医院扣除医疗质量安全保障金必须有合理的原因，如医生存在医疗过错、违反医院规章制度等。如果扣除原因不合理或无法证明，那么这种扣除行为可能是违法的。
扣除程序的合法性：医院在扣除医疗质量安全保障金时，必须遵循合法的程序，如提前告知医生、听取医生的陈述和申辩、出具书面扣除通知等。如果扣除程序不合法，那么这种扣除行为同样可能是违法的。
扣除金额的合理性：即使医院有权扣除医疗质量安全保障金，扣除的金额也必须合理。如果扣除金额过高或无法证明与医生的过错程度相适应，那么这种扣除行为可能被视为违法。
四、建议与措施
审查合同与规章制度：医生在面临医院扣除医疗质量安全保障金时，应首先审查自己的劳动合同和医院规章制度，了解是否有相关约定或规定。
与医院沟通协商：如果医生认为医院的扣除行为不合理或违法，可以与医院进行沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律救济：如果沟通协商无果，医生可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，甚至通过诉讼途径维护自己的合法权益。
总结来说，医院扣除医生医疗质量安全保障金的合法性取决于多种因素，包括合同约定、医院规章制度、法律法规的强制性规定以及扣除原因、程序和金额的合理性等。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。