结论：医院因医疗事故扣财务部工资是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若财务人员存在直接过错或违反规章制度且制度合法，则可能合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
责任主体问题：医疗事故的责任主体通常是直接参与医疗活动的医务人员或相关管理部门，而非财务部门。财务部门的主要职责是管理医院的财务事务，如资金收付、账目记录等，与医疗活动的直接执行无关。因此，将医疗事故的责任归咎于财务部门，并扣减其工资，显然是不合理的。
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意扣减劳动者工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。除非劳动者存在严重违反用人单位规章制度、给用人单位造成重大损失等情形，且用人单位有明确的规章制度作为依据，否则不得扣减工资。
二、可能合法的情况
财务人员存在直接过错：如果医疗事故的发生与财务人员的直接行为有关，例如财务人员错误地支付了医疗费用、未及时记录医疗收入或支出等，导致医院遭受经济损失，且这种损失与医疗事故的发生有直接因果关系，那么医院在依据合法有效的规章制度的前提下，扣减财务人员的工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格的证据支持。
财务人员违反规章制度：如果医院有明确的规章制度规定，在发生医疗事故等特定情况下，相关责任部门或人员需承担一定的经济责任，且这种规章制度已经过民主程序制定、公示并告知了劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么医院在依据这些规章制度扣减财务人员工资时，可能是合法的。但同样需要严格的证据和程序支持。
三、建议与注意事项
审查规章制度：如果医院扣减了财务人员的工资，财务人员应首先审查医院的规章制度是否合法有效，是否经过民主程序制定、公示并告知了劳动者。如果规章制度存在违法或程序瑕疵，财务人员可以依法维护自己的权益。
收集证据：财务人员应收集与医疗事故相关的证据，如医疗记录、财务记录、证人证言等，以证明自己与医疗事故的发生无直接因果关系或未违反医院的规章制度。
协商与投诉：如果财务人员认为医院扣减工资的行为不合法或不合理，可以与医院进行协商，要求恢复工资或给予合理的解释。如果协商无果，财务人员可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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