在工程合伙纠纷中，若对方主张为买卖合同关系，而您作为实际施工人已起诉，法院的判决将主要依据双方实际履行的合同内容、合同目的以及相关证据来综合判定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同性质的判定
合同内容与目的：
- 法院会首先审查双方签订的合同内容，包括合同条款、约定事项等，以判断合同的实际性质。
- 同时，法院会考虑合同的目的，即双方签订合同的真实意图。在工程合伙纠纷中，如果合同内容涉及工程的建设、施工、管理等方面，且双方实际履行的是这些义务，那么合同更可能被认定为建设工程合同。
实际履行情况：
- 法院会关注双方在实际履行合同过程中的行为，包括是否按照合同约定进行了工程的建设、施工、验收等。
- 如果实际履行情况与建设工程合同的特征相符，如存在工程款的支付、工程进度的报告、工程质量的验收等，那么法院更可能倾向于认定合同为建设工程合同。
二、实际施工人的地位与权益
实际施工人的认定：
- 在建设工程合同中，实际施工人是指实际进行工程建设、施工并承担相应风险的人。
- 如果您作为实际施工人，能够提供充分的证据证明自己实际参与了工程的建设和施工，那么您的地位将得到法院的认可。
实际施工人的权益保护：
- 根据相关法律法规，实际施工人在建设工程合同中享有相应的权益，如工程款的支付、工程质量的保障等。
- 如果对方主张为买卖合同关系，但无法提供充分证据证明双方实际履行的是买卖合同义务，那么法院将更可能支持您作为实际施工人的权益主张。
三、法院可能的判决结果
认定为建设工程合同：
- 如果法院认定双方签订的是建设工程合同，且您作为实际施工人已经履行了合同义务，那么法院将支持您要求对方支付工程款、承担违约责任等诉讼请求。
认定为买卖合同（可能性较小）：
- 如果对方能够提供充分证据证明双方实际履行的是买卖合同义务，如货物的交付、货款的支付等，且这些义务与工程建设无直接关联，那么法院可能认定合同为买卖合同。
- 但在此情况下，您作为实际施工人的地位和权益可能无法得到直接保护，除非您能证明买卖合同与工程建设之间存在某种关联或依赖关系。
四、建议与措施
收集证据：
- 您应积极收集与工程建设相关的证据，如合同文本、工程进度报告、工程款支付凭证、工程质量验收报告等，以证明自己作为实际施工人的地位和权益。
咨询专业律师：
- 在诉讼过程中，建议您咨询专业律师的意见，以便更好地了解自己的权益和诉讼策略。律师可以根据您的具体情况和证据情况，为您提供针对性的法律建议和帮助。（当然，作为刘新民律师，我随时准备为您提供专业的法律咨询和服务。）
关注诉讼进展：
- 在诉讼过程中，您应密切关注案件的进展情况，及时与法院和对方沟通，了解对方的答辩意见和证据情况，以便及时调整自己的诉讼策略。
综上所述，法院在判决工程合伙纠纷时，将主要依据双方实际履行的合同内容、合同目的以及相关证据来综合判定合同的性质和实际施工人的地位与权益。因此，您应积极收集证据、咨询专业律师并关注诉讼进展，以维护自己的合法权益。