人社局以超过两年时限为由不受理农民工欠薪问题，这一做法是否合理，需分情况讨论：
若欠薪问题属于劳动争议范畴，且已超过劳动仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若农民工欠薪问题属于劳动争议，且自知道或应当知道欠薪之日起已超过一年，同时未出现时效中断或中止的法定情形，那么人社局以超过时效为由不受理，在法律上是站得住脚的。但这里需要注意的是，“两年时限”并非法律直接规定的劳动仲裁时效，而是可能人社局在内部操作或解释上有所简化或误解，实际应依据的是一年的仲裁时效。
若欠薪问题不涉及劳动争议，或虽涉及但存在时效中断、中止情形：
- 如果欠薪问题不直接属于劳动争议，比如是由于雇主恶意拖欠、逃匿等行为导致的，或者虽然属于劳动争议但存在时效中断（如农民工向雇主主张权利、雇主承诺支付等）或中止（如农民工因不可抗力或其他正当理由无法主张权利）的情形，那么人社局以超过两年时限为由不受理就是不合理的。农民工可以提供相关证据，证明时效的中断或中止，从而要求人社局依法受理并处理欠薪问题。
特殊情况下的保护：
- 对于农民工这一特殊群体，法律往往给予更多的保护。例如，一些地方性法规或政策可能规定了更长的欠薪追讨期限，或者对农民工欠薪问题有特殊的处理程序。如果农民工所在地区有此类规定，那么人社局以超过两年时限为由不受理也是不合理的。
法律建议：
- 农民工在遇到欠薪问题时，应尽快向人社局或劳动仲裁机构申请仲裁或投诉，以免超过时效。
- 如果确实因为某些原因超过了时效，也不要轻易放弃，可以积极收集证据，证明时效的中断或中止，或者查找是否有地方性法规或政策给予特殊保护。
- 在整个过程中，农民工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果人社局以超过时效为由不受理，且农民工无法提供证据证明时效的中断、中止或存在特殊保护情形，那么农民工可能面临无法通过行政途径追讨欠薪的风险。此时，农民工可以考虑通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。
总之，人社局以超过两年时限为由不受理农民工欠薪问题是否合理，需要根据具体情况来判断。农民工在遇到此类问题时，应积极了解相关法律法规和政策，寻求专业帮助，以更好地维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。