事业单位员工不在岗两年后并不会自动离职。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考虑：

1. 自动离职的法律规定：

   • 在一般的劳动关系中，自动离职通常指的是员工未经用人单位同意，擅自离开工作岗位，且长时间未归的行为。然而，这种行为并不直接导致劳动关系的自动解除，除非用人单位有明确的规章制度规定，并且该规章制度已经向员工公示或告知。
   • 对于事业单位而言，其员工的管理和离职程序通常受到更为严格的法律法规和规章制度的约束。事业单位员工离职，一般需要按照规定的程序提出申请，并经过相关部门的审批，而非简单地因不在岗而自动离职。

2. 事业单位员工的离职程序：

   • 事业单位员工离职，通常需要提前向单位提出书面申请，说明离职原因和离职时间。
   • 单位会根据员工的申请和实际情况，进行审批和处理。如果员工未经批准擅自离职，单位可能会依据相关规定对其进行处理，如扣除工资、奖金、福利等，甚至可能追究其法律责任。
   • 在某些情况下，如果员工长时间不在岗且未提出离职申请，单位可能会依据相关规定解除与其的劳动关系，但这并非自动离职，而是单位根据规定作出的处理决定。

3. 不在岗的实际情况：

   • 员工不在岗可能由多种原因造成，如病假、事假、产假、停薪留职等。在这些情况下，员工与单位的劳动关系仍然存在，只是员工暂时不在工作岗位上。
   • 如果员工因个人原因长时间不在岗且未与单位沟通或提出离职申请，这可能会构成旷工行为。但旷工行为本身并不直接导致劳动关系的自动解除，而是需要单位依据相关规定进行处理。

4. 法律建议：

   • 对于事业单位员工而言，如果因个人原因需要离职或长时间不在岗，建议及时与单位沟通并按照规定程序提出申请。
   • 如果员工与单位之间因离职问题产生争议，可以寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的合法权益。

总结来说，事业单位员工不在岗两年后并不会自动离职。离职需要按照规定的程序进行申请和审批。如果员工长时间不在岗且未与单位沟通或提出离职申请，单位可能会依据相关规定进行处理，但并非自动离职。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。