结论：女员工怀孕后，用人单位一般不能以怀孕为由不发全勤奖，但需结合全勤奖的发放条件及女员工实际工作情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 全勤奖的发放条件与怀孕的关联性
   全勤奖通常是对员工在一定周期内无迟到、早退、旷工等行为的奖励。若女员工怀孕后仍正常出勤，未违反全勤奖的发放条件，用人单位不得因其怀孕而拒绝发放。例如，女员工孕期坚持全勤，且无任何考勤违规记录，用人单位扣发全勤奖即构成违法。

2. 孕期特殊情况对全勤奖的影响
   若女员工因孕期反应（如孕吐、保胎治疗等）导致短暂缺勤或迟到，需根据用人单位规章制度判断是否影响全勤奖。

   • 规章制度合法性：若用人单位规章制度明确规定“因病缺勤超过X天取消全勤奖”，且该制度经民主程序制定并公示，则可能合法；但若制度未区分孕期与非孕期缺勤，或未合理设置缓冲期（如允许短期病假不影响全勤奖），则可能因歧视孕妇被认定无效。
     
   • 合理性审查：即使制度合法，若女员工缺勤是因孕期必要医疗行为（如产检、住院保胎），用人单位应体现人文关怀，不宜机械扣发全勤奖，否则可能引发劳动争议。

3. 法律对孕期女员工的特殊保护
   根据《女职工劳动保护特别规定》及《劳动法》，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退或解除劳动合同。全勤奖属于工资组成部分，若女员工未违反考勤规定，扣发全勤奖即构成“降低工资”，违反法律规定。

建议：

• 对用人单位：修订全勤奖制度时，应明确孕期合理缺勤（如产检、保胎）不影响全勤奖，避免法律风险；处理考勤问题时，需与女员工充分沟通，保留书面记录。
  
• 对女员工：若用人单位无正当理由扣发全勤奖，可先协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发全勤奖及可能的赔偿。
  

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