结论：公司仅给部分员工放三个月假且只支付底薪与缴纳社保的行为是否合法，需分情况讨论，关键在于放假原因、公司规章制度以及劳动合同的约定等。具体分析如下：

1. 若放假是基于公司生产经营的合理需要，且符合相关程序和规定

   • 程序合法性：公司因生产经营困难、季节性停工等原因需要给部分员工放长假，一般需提前与工会或者职工代表协商，并将放假方案向全体员工进行公示或告知。如果公司没有履行这些必要的程序，直接单方面决定给部分员工放假，那么这种行为在程序上可能存在违法性。
   • 待遇合法性：根据相关规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的70%支付劳动者生活费（具体比例可能因地区而异）。如果公司只支付底薪，需要看底薪是否达到上述标准。如果底薪低于法定标准，那么公司的行为就是违法的。例如，当地规定停工停产超过一个工资支付周期且劳动者未提供正常劳动时，生活费应按最低工资标准的80%支付，而公司只按底薪（假设底薪低于该标准）支付，就违反了规定。
   • 公平性考量：公司仅给部分员工放假，需要有合理的理由和区分标准。如果公司不能提供合理的解释，比如随意挑选员工放假，而其他员工正常工作，这可能涉嫌歧视或不公平对待员工，违反了劳动法中关于公平就业的原则。

2. 若放假是公司变相裁员或恶意调岗降薪的手段

   • 变相裁员：如果公司以放假为名，实际上是想迫使员工主动离职，从而避免支付经济补偿金，这种行为是不合法的。例如，公司在放假期间不提供任何工作条件，也不与员工沟通复工事宜，导致员工无法继续工作而选择离职，这可能被认定为变相裁员，员工可以要求公司支付相应的经济补偿。
   • 恶意调岗降薪：如果公司放假后，在复工时擅自调整员工的工作岗位或降低工资待遇，且没有与员工协商一致，这也违反了劳动合同的约定和劳动法的规定。员工有权拒绝公司的不合理安排，并可以要求公司按照原劳动合同履行义务。

3. 若放假违反了劳动合同的约定

   • 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了员工的工作岗位、工作时间、工资待遇等内容，而公司未经员工同意擅自给员工放长假并改变工资待遇，这就违反了劳动合同的约定，员工可以要求公司承担违约责任。例如，劳动合同中约定员工每月工资为5000元，而公司放假期间只支付2000元底薪，员工可以依据合同要求公司补足差额。

建议：如果员工遇到公司这种放假安排，首先可以与公司进行沟通协商，要求公司说明放假的原因、依据以及待遇标准等问题。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行调查和处理。也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

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