结论：在有劳动合同的情况下，补缴社保和申请劳动仲裁的顺序需根据具体情况判断，一般可分以下两种情况处理：

1. 若社保补缴问题可通过社保部门直接处理，建议优先补缴社保，再视情况决定是否仲裁
   根据《社会保险法》第六十三条，用人单位未按时足额缴纳社保的，劳动者可向当地社保征收机构（如社保局或税务局）投诉，由社保部门责令用人单位限期缴纳或补足。此时，劳动者无需通过劳动仲裁即可直接要求社保部门介入，流程更高效。例如，若用人单位仅是漏缴某几个月的社保，劳动者可直接向社保部门提交劳动合同、工资流水等材料，要求补缴。

2. 若社保问题与劳动争议（如未签合同、拖欠工资、违法解除等）相关联，或社保部门无法直接处理，建议同步申请劳动仲裁
   若用人单位拒绝补缴社保且存在其他违法行为（如未签劳动合同、拖欠工资等），劳动者可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张补缴社保的同时要求用人单位支付经济补偿、未签合同双倍工资等。此时，仲裁裁决可作为社保部门强制执行的依据。例如，若用人单位以“劳动者自愿放弃社保”为由拒绝补缴，该行为因违反法律强制性规定而无效，劳动者可通过仲裁确认劳动关系后，再要求社保部门强制补缴。

补充说明：

• 社保补缴的时效性：根据《劳动保障监察条例》，社保部门对用人单位的违法行为查处期限为2年（自违法行为终止之日起计算），但劳动者在劳动关系存续期间投诉的，不受2年限制。因此，发现社保问题后应及时处理。
  
• 仲裁与社保补缴的关联性：若仲裁裁决中明确要求用人单位补缴社保，劳动者需持裁决书到社保部门申请强制执行；若仲裁未涉及社保问题，劳动者仍可单独向社保部门投诉。
  

建议：

• 先收集劳动合同、工资记录、社保缴费记录等证据；
  
• 根据争议内容选择优先途径：单纯社保问题找社保部门，复杂劳动争议同步申请仲裁；
  
• 若对流程不熟悉，可进一步向我咨询具体操作步骤。