结论：农民占用村里的房屋后放农机，村书记收费并让签合同的行为是否合法，需分情况讨论，主要取决于房屋的性质、村书记的收费依据以及合同内容是否合法合规。
一、房屋性质对合法性的影响
房屋属于村集体所有：
- 如果房屋确实属于村集体所有，且村集体有权对该房屋进行管理和使用，那么村书记作为村集体的代表，在符合法律法规和村集体规定的前提下，有权对房屋的使用进行收费，并要求使用者签订合同。但前提是，这种收费和合同签订必须基于合理的用途和合法的程序，比如经过村民会议或村民代表会议的讨论和同意。
房屋属于农民个人所有：
- 如果房屋实际上属于农民个人所有，那么村书记无权擅自收费或要求签订合同。农民对自己的房屋享有占有、使用、收益和处分的权利，除非存在法律法规规定的特殊情况（如房屋用于违法活动等），否则村书记的行为将构成侵权。
二、村书记收费依据的合法性
有合法依据：
- 如果村书记的收费行为有明确的法律法规或村集体规定作为依据，比如基于房屋的管理、维护或使用费用等，且这种收费标准合理、透明，那么这种收费行为可能是合法的。但同样需要确保收费程序合法，比如经过村民会议或村民代表会议的同意。
无合法依据：
- 如果村书记的收费行为没有明确的法律法规或村集体规定作为依据，或者收费标准不合理、不透明，甚至存在乱收费、摊派等违法行为，那么这种收费行为将是不合法的。农民有权拒绝支付，并向相关部门投诉或举报。
三、合同内容的合法性
合同内容合法合规：
- 如果村书记要求签订的合同内容合法合规，比如明确了房屋的使用用途、期限、费用及支付方式等，且双方意思表示真实、平等自愿，那么这份合同将是有效的。农民在签订合同前应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。
合同内容存在违法或不合理条款：
- 如果合同内容存在违法或不合理条款，比如限制农民的合法权益、加重农民的负担等，那么这份合同将是无效的或可撤销的。农民在签订合同前应咨询专业人士或律师的意见，避免签订不合理的合同。
四、建议与措施
- 核实房屋性质：农民应首先核实房屋的性质，确认房屋是否属于村集体所有或自己所有。
- 了解收费依据：农民应了解村书记的收费依据是否合法合规，要求村书记出示相关的法律法规或村集体规定。
- 审查合同内容：在签订合同前，农民应仔细审查合同内容，确保合同条款合法合规且符合自己的利益。如有必要，可咨询专业人士或律师的意见。
- 维护自身权益：如果农民认为村书记的行为不合法或侵犯了自己的权益，可向相关部门投诉或举报，并寻求法律援助或诉讼途径来维护自己的权益。
最后，针对此类问题，由于涉及法律法规和村集体规定等复杂因素，建议农民在遇到类似情况时及时向我咨询，以便更准确地了解自己的权益和义务，并采取合适的措施来维护自己的合法权益。