村民和村委会签订建厂占用耕地的协议是否合法，主要取决于该行为是否符合相关法律法规的规定，特别是《土地管理法》的相关条款。若占用行为符合公共利益、经过法定程序审批并给予合理补偿，则为合法；反之，则可能构成非法占地。以下是对该问题的详细分析：

合法的情况

1. 公共利益与法定程序：

   • 根据《土地管理法》的相关规定，若村委会占用耕地是为了乡（镇）村公共设施和公益事业建设，如修建道路、水利设施、学校或村办企业（且该企业符合公共利益需求，如提供就业机会、促进地方经济发展等），且经过了乡（镇）人民政府审核，并向县级以上地方人民政府自然资源主管部门提出了申请，按照规定的批准权限获得了批准，则该行为是合法的。
   • 在此过程中，若涉及占用农用地，还需依法办理农用地转用审批手续，确保土地用途的合法变更。

2. 村民同意与合理补偿：

   • 占用耕地涉及村民的切身利益，因此必须征得村民的同意。根据《村民委员会组织法》，涉及村民利益的重大事项，包括征地补偿费的使用、分配方案等，需经村民会议讨论决定。
   • 村委会应确保给予村民合理的补偿，补偿标准应符合当地政府的规定，并充分考虑村民的损失和利益。若村委会能够证明其占用耕地行为得到了村民会议或村民代表会议的通过，并且给予了村民合理的补偿，那么该行为也是合法的。

不合法的情况

1. 未经法定程序审批：

   • 若村委会未经相关部门的批准，擅自占用村民耕地，无论其目的是否为公共利益，该行为都是违法的。
   • 根据《土地管理法》的规定，非法占用土地的，将由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、拆除建筑物、没收新建物等法律后果。

2. 非公共利益与未合理补偿：

   • 若村委会占用耕地并非出于公共利益的需要，而是用于商业开发或其他营利性活动，且未给予村民合理的补偿，该行为同样是非法的。
   • 在这种情况下，村民有权通过法律途径维护自己的权益，要求村委会停止侵权行为、返还土地并给予相应的赔偿。

法律建议

• 对于村委会：在占用耕地前，务必确保其行为符合相关法律法规的规定，特别是要履行好审批程序、征得村民同意并给予合理补偿。同时，应积极与村民沟通，解释占用耕地的目的和补偿方案，以减少纠纷和冲突。
• 对于村民：应积极了解自己的权益和义务，关注村委会的占用耕地行为是否合法。若发现村委会存在违法行为或未给予合理补偿，应及时向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

在实际操作中，村委会和村民都应严格遵守法律法规，确保占用耕地行为的合法性和合理性。若遇到法律纠纷或疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。