结论：不认定事实劳动关系但认定负主体责任的情况下，能否要求补缴社保等赔偿需分情况讨论，具体如下：

1. 补缴社保的可行性
   根据《社会保险法》及《劳动保障监察条例》，社保缴纳以存在劳动关系为前提。若未被认定事实劳动关系，社保部门通常不会直接受理补缴申请。但若被认定负主体责任（如用工单位对劳动者存在实际管理、支付报酬等行为），可通过以下途径争取：

   • 行政途径：向劳动监察部门投诉，要求责令用工单位补缴社保。需提供工资支付记录、考勤记录、工作证等证据，证明用工单位实际承担了用人单位的义务。
     
   • 司法途径：在劳动争议仲裁或诉讼中，主张用工单位与劳动者构成“类劳动关系”（如非全日制用工、劳务派遣等特殊情形），要求其承担社保缴纳义务。若法院或仲裁机构认定用工单位存在过错，可能支持补缴请求。

2. 其他赔偿的请求权基础
   即使未认定劳动关系，若用工单位被认定负主体责任，劳动者仍可主张以下赔偿：

   • 未签书面合同的二倍工资差额：若用工单位未与劳动者签订书面合同，且存在实际用工行为，可能被要求支付二倍工资差额（需以存在“类劳动关系”为前提）。
     
   • 经济补偿金/赔偿金：若用工单位违法解除用工关系或未支付劳动报酬，劳动者可主张经济补偿或赔偿金（需证明用工单位存在过错）。
     
   • 工伤赔偿：若劳动者因工受伤，即使未认定劳动关系，用工单位仍可能被要求承担工伤保险责任（依据《工伤保险条例》及地方性法规）。

3. 实务建议

   • 证据收集：重点收集工资支付记录、考勤记录、工作证、工作服、同事证言等证据，证明用工单位实际承担了用人单位的义务。
     
   • 法律程序选择：优先通过劳动监察部门投诉，若未获支持，再申请劳动仲裁或提起诉讼。
     
   • 类案参考：部分地区法院已出台指导意见，明确在特定情形下（如建筑领域违法分包、挂靠等），用工单位需承担社保缴纳义务，可结合当地判例主张权利。

总结：不认定事实劳动关系但认定负主体责任时，补缴社保的请求可能面临一定障碍，但通过行政投诉或司法途径，结合具体证据和类案参考，仍有可能争取到社保补缴或其他赔偿。建议根据具体情况制定策略，并咨询专业律师以进一步分析。